PDB-1c2u: SOLUTION STRUCTURE OF [ABU3,35]SHK12-28,17-32

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1c2u

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF [ABU3,35]SHK12-28,17-32

要素

SYNTHETIC PEPTIDE ANALOGUE OF SHK TOXIN

キーワード

TOXIN / SHK TOXIN / POTASSIUM CHANNEL / DISULPHIDE BONDS / ANALOGUES / STRUCTURE-FUNCTION / SOLUTION STRUCTURE

機能・相同性

ShKT domain / ShKT domain profile. / nematocyst / potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / extracellular region / Kappa-stichotoxin-She3a

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / THE STRUCTURES WERE REFINED USING DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Pennington, M.W. / Lanigan, M.D. / Kalman, K. / Manhir, V.M. / Rauer, H. / McVaugh, C.T. / Behm, D. / Donaldson, D. / Chandy, K.G. / Kem, W.R. / Norton, R.S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Role of disulfide bonds in the structure and potassium channel blocking activity of ShK toxin.
著者: Pennington, M.W. / Lanigan, M.D. / Kalman, K. / Mahnir, V.M. / Rauer, H. / McVaugh, C.T. / Behm, D. / Donaldson, D. / Chandy, K.G. / Kem, W.R. / Norton, R.S.

履歴

登録	1999年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1c2u.cif.gz	222.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1c2u.ent.gz	191.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1c2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1c2u_validation.pdf.gz	361.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1c2u_full_validation.pdf.gz	508.6 KB	表示
XML形式データ	1c2u_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	1c2u_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/1c2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/1c2u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1hp2-d 5fzw-d 4bfh-d 2pta-d 1mrt-d 2n8c-d 2idh-6 2lo7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SYNTHETIC PEPTIDE ANALOGUE OF SHK TOXIN

3.97 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	SYNTHETIC PEPTIDE ANALOGUE OF SHK TOXIN 分子量: 3973.698 Da / 分子数: 1 / 変異: C3(ABU), C35(ABU), M21A / 由来タイプ: 合成詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN STICHODACTYLA HELIANTHUS. 参照: UniProt: P29187

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D-TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

-
試料調製

詳細	内容: 5.6 MM [ABU3,35]SHK12-28,17-32; 90% H2O, 10% D2O (V/V)
試料状態	イオン強度: 5.6 mM PEPTIDE / pH: 5 / 圧: AMBIENT / 温度: 293.0 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.1	BRUKER	collection
XEASY	1.3.7	BARTELS	データ解析
DYANA	1.4	GUNTERT	構造決定
X-PLOR	1.3	BRUNGER	精密化
CHARMM	19	BROOKS	精密化

精密化

手法: THE STRUCTURES WERE REFINED USING DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 328 NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS AND 26 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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