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- PDB-1c2q: SOLUTION STRUCTURE OF A DNA.RNA HYBRID CONTAINING AN ALPHAT-ANOME... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c2q
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A DNA.RNA HYBRID CONTAINING AN ALPHAT-ANOMERIC THYMIDINE AND POLARITY REVERSALS
要素
  • 5'-D(ATGG-3'-3'-(T3P)-5'-5'-GCTC)-3'
  • 5'-R(GAGCACCAU)-3'
キーワードDNA-RNA HYBRID / DNA/RNA HYBRID / ALPHAT-ANOMERIC THYMIDINE / 3'-3'/5'-5' PHOSPHODIESTER LINKAGES
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
Model type detailsminimized average
データ登録者Germann, M.W. / Aramini, J.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Solution structure of a DNA.RNA hybrid containing an alpha-anomeric thymidine and polarity reversals: d(ATGG-3'-3'-alphaT-5'-5'-GCTC). r(gagcaccau).
著者: Aramini, J.M. / Germann, M.W.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998
タイトル: NMR solution structures of [d(GCGAAT-3'-3'-(alpha-T)-5'-5'-CGC)2] and its unmodified control
著者: Aramini, J.M. / Mujeeb, A. / Germann, M.W.
履歴
登録1999年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(ATGG-3'-3'-(T3P)-5'-5'-GCTC)-3'
B: 5'-R(GAGCACCAU)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6022
ポリマ－5,6022
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(ATGG-3'-3'-(T3P)-5'-5'-GCTC)-3'


分子量: 2746.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC
#2: RNA鎖 5'-R(GAGCACCAU)-3'


分子量: 2854.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
13131P-1H CORRELATION SPECTROSCOPY
2422D NOESY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR NMR TECHNIQUES

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
10.89 MM HYBRID, 50 MM NACL, 10 MM PHOSPHATE BUFFER, 0.5 MM EDTA, PH* 6.6, D2O
20.89 MM HYBRID, 50 MM NACL, 10 MM PHOSPHATE BUFFER, 0.5 MM EDTA, PH 6.7, 90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.6AMBIENT 298 K
26.7AMBIENT 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
UXNMR2.1BRUKERcollection
MARDIGRAS3.2BORGIAS & JAMES, 1989iterative matrix relaxation
CORMA5.2BORGIAS & JAMES, 1988データ解析
Sparky3.33UCSFデータ解析
Amber4.1PEARLMAN ET AL., 1995精密化
SPHINX/LINSHAWIDMER & WUTHRICH, 1987データ解析
Curves5.1LAVERY & SKLENAR, 1996データ解析
Amber4.1PEARLMAN ET AL., 1995構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON A TOTAL OF 405 RESTRAINTS: 268 RANDMARDI DERIVED INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS (NON-EXCHANGEABLE: 246; EXCHANGEABLE: 22); 45 DEOXYRIBOSE ENDOCYCLIC TORSION ANGLE ...詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON A TOTAL OF 405 RESTRAINTS: 268 RANDMARDI DERIVED INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS (NON-EXCHANGEABLE: 246; EXCHANGEABLE: 22); 45 DEOXYRIBOSE ENDOCYCLIC TORSION ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM PSEUDOROTATION ANALYSIS; 45 RIBOSE ENDOCYCLIC TORSION ANGLE RESTRAINTS (BROAD, N-TYPE); 46 WATSON-CRICK DISTANCE AND ANGLE RESTRAINTS. THE FINAL AVERAGE STRUCTURE WAS OBTAINED BY COORDINATE AVERAGING OF THE FINAL ENSEMBLE OF RMD/REM STRUCTURES, FOLLOWED BY RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION. ALL STRUCTURE CALCULATIONS WERE PERFORMED USING THE SANDER PROGRAM WITHIN AMBER 4.1, AND THE 1994 ALL ATOM NUCLEIC ACID PARAMETERIZATION. ALL CALCULATIONS WERE CONDUCTED IN VACUO, USING A DISTANCE DEPENDENT DIELECTRIC CONSTANT AND 30 A CUT-OFF FOR NON-BONDED INTERACTIONS.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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