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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c1f | ||||||
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タイトル | LIGAND-FREE CONGERIN I | ||||||
要素 | PROTEIN (CONGERIN I) | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / GALECTIN / LECTIN / BETA-GALACTOSE-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 galactoside binding / laminin binding / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Conger myriaster (アナゴ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Shirai, T. / Mitsuyama, C. / Niwa, Y. / Matsui, Y. / Hotta, H. / Yamane, T. / Kamiya, H. / Ishii, C. / Ogawa, T. / Muramoto, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: High-resolution structure of the conger eel galectin, congerin I, in lactose-liganded and ligand-free forms: emergence of a new structure class by accelerated evolution. 著者: Shirai, T. / Mitsuyama, C. / Niwa, Y. / Matsui, Y. / Hotta, H. / Yamane, T. / Kamiya, H. / Ishii, C. / Ogawa, T. / Muramoto, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c1f.cif.gz | 39.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c1f.ent.gz | 27.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c1f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/1c1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/1c1f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15356.081 Da / 分子数: 1 / 断片: CARBOHYDRATE-RECOGNITION-DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Conger myriaster (アナゴ) / Secretion: NON-CLASSICAL / 組織: SKIN MUCUS / 参照: UniProt: P26788 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.57 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 / 詳細: pH 9.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 17489 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 76.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 詳細: SIDE-CHAINS OF SER123 AND LEU124 ARE MODELED AS ALTERNATIVE CONFORMERS.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 3 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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