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- PDB-1c05: SOLUTION STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN S4 DELTA 41, REFINED WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c05
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN S4 DELTA 41, REFINED WITH DIPOLAR COUPLINGS (MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE)
要素RIBOSOMAL PROTEIN S4 DELTA 41
キーワードRIBOSOME / TWO SUBDOMAINS / UNIQUE TOPOLOGY / POSSIBLE HELIX-TURN-HELIX MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal ...Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4/S9 / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法溶液NMR / hybrid DGSA protocol without the dipolar coupling restraints, additional SA with the dipolar coupling restraints add
Model type detailsminimized average
データ登録者Markus, M.A. / Gerstner, R.B. / Draper, D.E. / Torchia, D.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Refining the overall structure and subdomain orientation of ribosomal protein S4 delta41 with dipolar couplings measured by NMR in uniaxial liquid crystalline phases.
著者: Markus, M.A. / Gerstner, R.B. / Draper, D.E. / Torchia, D.A.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: The solution structure of ribosomal protein S4 delta 41 reveals two subdomains and a positively charged surface that may interact with RNA
著者: Markus, M.A. / Gerstner, R.B. / Draper, D.E. / Torchia, D.A.
履歴
登録1999年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
改定 1.42024年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOMAL PROTEIN S4 DELTA 41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6241
ポリマ－18,6241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S4 DELTA 41


分子量: 18624.359 Da / 分子数: 1 / 断片: S4 DELTA 41 (S4 RESIDUES 42-200) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: PET13A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81288

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1233D 13C-separated NOESY
1334D 13C-separated NOESY
141HNHA
255IPAP 15N HSQC
NMR実験の詳細Text: This structure was determined with NOE restraints from multidimensional heteronuclear experiments, dihedral angle restraints based on measurements of scalar coupling constants, and dipolar ...Text: This structure was determined with NOE restraints from multidimensional heteronuclear experiments, dihedral angle restraints based on measurements of scalar coupling constants, and dipolar coupling restraints measured on samples in partially aligned phases.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM S4 delta 41, U-15N,13C; 20 mM d4-acetate pH 5.4, 250 mM KCl, 0.1 mM sodium azide94% H2O, 6% D2O
20.8 mM S4 delta 41, U-15N; 20 mM d4-acetate pH 5.4, 250 mM KCl, 0.1 mM sodium azide94% H2O, 6% D2O
30.45 mM S4 delta 41, U-15N,13C; 20 mM d4-acetate pH 5.4, 250 mM KCl99.9% D2O
40.62 mM S4 delta 41, 10% 13C; 20 mM d4-acetate pH 5.4, 250 mM KCl99.9% D2O
50.10 mM S4 delta 41, U-15N; 7 mM d4-acetate pH 5.4, 7 mM KH2PO4 pH 6.5, 80 mM KCl, 5% w/v DMPC:DHPC (3:1)93% H2O/7% D2O
60.21 mM S4 delta 41, U-15N, 85% 2H; 15N,13C,1H methionine; epsilon-13C, 1H tyrsoine; beta,gamma,delta 2H proline; 10 mM KH2PO4 pH 6.5, 300 mM KCl, 0.2 mM sodium azide, 2.5 mg/ml Pf194% H2O, 6% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1250 mM KCl 5.41 atm310 K
280 mM KCl 61 atm310 K
3300 mM KCl 6.51 atm310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker DMXBrukerDMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.5BRUKER構造決定
NMRPipe1.7DELAGLIO構造決定
PIPP4.2.8GARRETT構造決定
X-PLOR3.8, 4.0BRUNGER精密化
精密化手法: hybrid DGSA protocol without the dipolar coupling restraints, additional SA with the dipolar coupling restraints add
ソフトェア番号: 1
詳細: SUMMARY OF RESTRAINTS: 2170 NOE, 86 HYDROGEN BOND, 114 DIHEDRAL ANGLE, AND 101 DIPOLAR COUPLINGS
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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