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万見
- PDB-1byy: SODIUM CHANNEL IIA INACTIVATION GATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1byy
タイトルSODIUM CHANNEL IIA INACTIVATION GATE
要素PROTEIN (SODIUM CHANNEL ALPHA-SUBUNIT)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SODIUM CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


leucine zipper domain binding / nerve development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / corpus callosum development / paranode region of axon / membrane depolarization during action potential / dentate gyrus development / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / axon initial segment / optic nerve development ...leucine zipper domain binding / nerve development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / corpus callosum development / paranode region of axon / membrane depolarization during action potential / dentate gyrus development / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / axon initial segment / optic nerve development / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / sodium ion transport / axon development / intercalated disc / neuronal action potential / myelination / T-tubule / sodium ion transmembrane transport / determination of adult lifespan / cerebral cortex development / memory / nervous system development / presynaptic membrane / neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / calmodulin binding / axon / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site ...Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / IQ motif profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel protein type 2 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Rohl, C.A. / Boeckman, F.A. / Baker, C. / Scheuer, T. / Catterall, W.A. / Klevit, R.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Solution structure of the sodium channel inactivation gate.
著者: Rohl, C.A. / Boeckman, F.A. / Baker, C. / Scheuer, T. / Catterall, W.A. / Klevit, R.E.
履歴
登録1998年10月21日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SODIUM CHANNEL ALPHA-SUBUNIT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2661
ポリマ－6,2661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 25NO VIOLATIONS >0.3 DEGREES OR 3 ANGSTROMS; LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (SODIUM CHANNEL ALPHA-SUBUNIT)


分子量: 6266.271 Da / 分子数: 1 / 断片: INACTIVATION DOMAIN FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL26 / 参照: UniProt: P04775

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-EDITED NOESY
12113C-EDITED NOESY
131HNHB
141HMQC-J
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE DETERMINATION USING TRIPLE-RESONANCE NMR ON 13C, 15N-LABELED PROTEIN

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試料調製

詳細内容: H2O/D2O
試料状態pH: 6.5 / 温度: 299 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX500BrukerDMX5005001
Bruker DMX750BrukerDMX7507502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1BRUNGER構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO VIOLATIONS >0.3 DEGREES OR 3 ANGSTROMS; LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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