+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1byp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | E43K,D44K DOUBLE MUTANT PLASTOCYANIN FROM SILENE | ||||||
![]() | PROTEIN (PLASTOCYANIN) | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / ELECTRON TRANSFER / PHOTOSYNTHESIS / ACIDIC PATCH / DOUBLE MUTANT | ||||||
機能・相同性 | ![]() electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sugawara, H. / Inoue, T. / Li, C. / Gotowda, M. / Hibino, T. / Takabe, T. / Kai, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of wild-type and mutant plastocyanins from a higher plant, Silene. 著者: Sugawara, H. / Inoue, T. / Li, C. / Gotowda, M. / Hibino, T. / Takabe, T. / Kai, Y. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of Plastocyanin from Silene Expressed in E. Coli 著者: Li, C. / Inoue, T. / Gotowda, M. / Hamada, K. / Nishio, N. / Hibino, T. / Takabe, T. / Kai, Y. #2: ![]() タイトル: Accuracy and Precision in Protein Structure Analysis: Restrained Least-Squares Refinement of the Structure of Poplar Plastocyanin at 1.33 A Resolution 著者: Guss, J.M. / Bartunik, H.D. / Freeman, H.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 32.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 21.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 433.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10415.667 Da / 分子数: 1 / 変異: E43K, D44K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Silene latifolia / 株: subsp. alba / Organelle: CHLOROPLAST / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7 詳細: 2.8M AMMONIUM SULFATE, 100MM POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月15日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 10737 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 52627 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PCY ![]() 1pcy 解像度: 1.75→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |