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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bxu | ||||||
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タイトル | OXIDIZED PLASTOCYANIN FROM SYNECHOCOCCUS SP. | ||||||
![]() | PLASTOCYANIN | ||||||
![]() | COPPER PROTEIN / ELECTRON TRANSFER | ||||||
機能・相同性 | ![]() electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Inoue, T. / Sugawara, H. / Hamanaka, S. / Tsukui, H. / Suzuki, E. / Kohzuma, T. / Kai, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure determinations of oxidized and reduced plastocyanin from the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7942. 著者: Inoue, T. / Sugawara, H. / Hamanaka, S. / Tsukui, H. / Suzuki, E. / Kohzuma, T. / Kai, Y. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Plastocyanin from Cyanobacterium Synechococcus Sp. Pcc 7942 著者: Inoue, T. / Sugawara, H. / Hamanaka, S. / Tsukui, H. / Suzuki, E. / Kohzuma, T. / Kai, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 31.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 19.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 402.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 402.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9861.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: REDUCED FORM 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 7942 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.3 / 詳細: pH 5.3 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1997年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 8058 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.123 / % possible all: 97.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 39058 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1IUZ 解像度: 1.9→10 Å / SU B: 2.46 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.12
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 7192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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