+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bwz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | DIAMINOPIMELATE EPIMERASE FROM HEMOPHILUS INFLUENZAE | ||||||
要素 | PROTEIN (DIAMINOPIMELATE EPIMERASE) | ||||||
キーワード | ISOMERASE / METABOLIC ROLE / STRUCTURAL CLASSIFICATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diaminopimelate epimerase / diaminopimelate epimerase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.72 Å | ||||||
データ登録者 | Cirilli, M. / Zheng, R. / Scapin, G. / Blanchard, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structural symmetry: the three-dimensional structure of Haemophilus influenzae diaminopimelate epimerase. 著者: Cirilli, M. / Zheng, R. / Scapin, G. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bwz.cif.gz | 59.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1bwz.ent.gz | 47.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bwz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bwz_validation.pdf.gz | 423 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1bwz_full_validation.pdf.gz | 431.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bwz_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bwz_validation.cif.gz | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/1bwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/1bwz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30295.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: DAPF / プラスミド: PET 23A(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): DAPF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P44859, diaminopimelate epimerase |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.72→23.79 Å / Num. obs: 9691 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 11.61 |
反射 シェル | 解像度: 2.72→2.83 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 10.89 / Rsym value: 0.061 / % possible all: 51.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 33313 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 51.6 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.72→23.79 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.72→23.79 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PR / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|