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- PDB-1bwo: THE CRYSTAL STRUCTURE OF WHEAT NON-SPECIFIC TRANSFER PROTEIN COMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bwo
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF WHEAT NON-SPECIFIC TRANSFER PROTEIN COMPLEXED WITH TWO MOLECULES OF PHOSPHOLIPID AT 2.1 A RESOLUTION
要素NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN
キーワードLIPID TRANSFER PROTEIN / WHEAT / LIPID BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / lipid binding
類似検索 - 分子機能
Plant lipid transfer proteins signature. / Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
[1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE / Non-specific lipid-transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Charvolin, D. / Cohen-Addad, C. / Pebay-Peyroula, E.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of a wheat nonspecific lipid transfer protein (ns-LTP1) complexed with two molecules of phospholipid at 2.1 A resolution.
著者: Charvolin, D. / Douliez, J.P. / Marion, D. / Cohen-Addad, C. / Pebay-Peyroula, E.
履歴
登録1998年9月25日処理サイト: BNL
改定 1.01999年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年5月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn
Item: _atom_site.label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN
B: NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1126
ポリマ－19,2382
非ポリマー1,8744
水2,612145
1
A: NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5563
ポリマ－9,6191
非ポリマー9372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5563
ポリマ－9,6191
非ポリマー9372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.110, 56.890, 70.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN / NS-LTP1


分子量: 9618.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 器官: SEED / 参照: UniProt: P24296
#2: 化合物
ChemComp-LPC / [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE


分子量: 468.585 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H47NO7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 mg/mlprotein1drop
230 %(w/v)PEG40001reservoir
30.2 Mammonium acetate1reservoir
40.1 Mcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418
検出器日付: 1997年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 9208 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 12.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 24.3 Å / % possible obs: 90.5 % / Num. measured all: 23492 / Rmerge(I) obs: 0.048

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.841精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→10 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 -5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.163 8525 85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1356 0 124 145 1625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.05
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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