[日本語] English
万見
- PDB-1buo: BTB DOMAIN FROM PLZF -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1buo
タイトルBTB DOMAIN FROM PLZF
要素PROTEIN (PROMYELOCYTIC LEUKEMIA ZINC FINGER PROTEIN PLZF)
キーワードGENE REGULATION / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION DOMAIN / TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR / ZINC-FINGER PROTEIN / PROTEIN STRUCTURE / PROMYELOCYTIC LEUKEMIA
機能・相同性
機能・相同性情報


male germ-line stem cell asymmetric division / type 2 angiotensin receptor binding / forelimb morphogenesis / positive regulation of cartilage development / positive regulation of chondrocyte differentiation / mesonephros development / negative regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of NK T cell differentiation / embryonic pattern specification / myeloid cell differentiation ...male germ-line stem cell asymmetric division / type 2 angiotensin receptor binding / forelimb morphogenesis / positive regulation of cartilage development / positive regulation of chondrocyte differentiation / mesonephros development / negative regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of NK T cell differentiation / embryonic pattern specification / myeloid cell differentiation / positive regulation of ossification / cartilage development / embryonic hindlimb morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / ossification involved in bone maturation / embryonic digit morphogenesis / hemopoiesis / protein localization to nucleus / positive regulation of fat cell differentiation / transcription repressor complex / central nervous system development / transcription corepressor binding / male germ cell nucleus / PML body / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / protein ubiquitination / nuclear speck / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger and BTB domain-containing protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ahmad, K.F. / Engel, C.K. / Prive, G.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the BTB domain from PLZF.
著者: Ahmad, K.F. / Engel, C.K. / Prive, G.G.
履歴
登録1998年9月4日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PROMYELOCYTIC LEUKEMIA ZINC FINGER PROTEIN PLZF)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9271
ポリマ－13,9271
非ポリマー00
水2,324129
1
A: PROTEIN (PROMYELOCYTIC LEUKEMIA ZINC FINGER PROTEIN PLZF)

A: PROTEIN (PROMYELOCYTIC LEUKEMIA ZINC FINGER PROTEIN PLZF)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8542
ポリマ－27,8542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
Buried area3860 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.630, 72.630, 168.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-627-

HOH

21A-628-

HOH

31A-629-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PROMYELOCYTIC LEUKEMIA ZINC FINGER PROTEIN PLZF) / POZ DOMAIN


分子量: 13927.039 Da / 分子数: 1 / 断片: BTB DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-32(A) / 細胞株 (発現宿主): B834(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05516
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.15 M CACL2, 0.1 M HEPES (PH 7.5), 4% ISOPROPANOL,
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
2300 mM1dropNaCl
350 mMTris-HCl1drop
41 mMTCEP1drop
50.15 M1reservoirCaCl2
60.1 MHEPES1reservoir
74 %isopropanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9638, 0.9790, 0.9793
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96381
20.9791
30.97931
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 18253 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.2 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.248 / % possible all: 96.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 204897 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.248

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97モデル構築
SHARP位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 909 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs-17266 94 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数972 0 0 129 1101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.042
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.212
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る