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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bud | ||||||
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タイトル | ACUTOLYSIN A FROM SNAKE VENOM OF AGKISTRODON ACUTUS AT PH 5.0 | ||||||
要素 | PROTEIN (ACUTOLYSIN A) | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / METALLOPROTEINASE (金属プロテアーゼ) / SNAKE VENOM (ヘビ毒) / MMP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 envenomation resulting in hemorrhagic damage in another organism / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / toxin activity / calcium ion binding / タンパク質分解 / zinc ion binding / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Deinagkistrodon acutus (ヒャッポダ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Gong, W. / Zhu, X. / Liu, S. / Teng, M. / Niu, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Crystal structures of acutolysin A, a three-disulfide hemorrhagic zinc metalloproteinase from the snake venom of Agkistrodon acutus. 著者: Gong, W. / Zhu, X. / Liu, S. / Teng, M. / Niu, L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Haehorrhagin I from the Snake Venom of Agkistrodon Acutus 著者: Gong, W. / Zhu, Z. / Niu, L. / Teng, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bud.cif.gz | 55.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bud.ent.gz | 38.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bud.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/1bud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/1bud | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21866.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinagkistrodon acutus (ヒャッポダ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: Q9PW35 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: その他 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→8 Å / Num. obs: 14082 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1IAG 解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 17.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.34 |