PDB-1bub: DETERMINATION OF INTERNUCLEAR ANGLES OF DNA USING PARAMAGNETIC AS...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 1bub

タイトル

DETERMINATION OF INTERNUCLEAR ANGLES OF DNA USING PARAMAGNETIC ASSISTED MAGNETIC ALIGNMENT

要素

DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')

キーワード

DNA / QUDRAPLEX DNA / DUPLEX / EU BINDING DNA / TELOMERE DNA

機能・相同性

EUROPIUM ION / DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Marathias, V.M. / Beger, R.D. / Bolton, P.H.

引用

ジャーナル: J.Magn.Reson. / 年: 1998
タイトル: Determination of internuclear angles of DNA using paramagnetic-assisted magnetic alignment.
著者: Beger, R.D. / Marathias, V.M. / Volkman, B.F. / Bolton, P.H.

履歴

登録	1998年9月3日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1998年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions ...database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bub.cif.gz	16.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bub.ent.gz	10.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1bub_validation.pdf.gz	285.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1bub_full_validation.pdf.gz	285.7 KB	表示
XML形式データ	1bub_validation.xml.gz	1.9 KB	表示
CIF形式データ	1bub_validation.cif.gz	2.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/1bub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/1bub	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1qdf-d 1qdh-d 1q8h-d 1d1h-d 2gl1-d 1eit-d 1c4e-d 1pjv-d 2kgu-d 2sh1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (2)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
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チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
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#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (2)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
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2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
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胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
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p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
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HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
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#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

5.05 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -	MINIMIZED AVERAGE
代表モデル

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPGPTPTPGPGPTPGPTPGPGPTPTPGPG)-3') / D15MER 分子量: 4743.051 Da / 分子数: 1 / 断片: TELOMERE / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: TELOMERE DNA
#2: 化合物	ChemComp-EU / EUROPIUM ION 分子量: 151.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	ROESY

-
試料調製

試料状態	pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	BRUNGER	精密化
VNMR		構造決定

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: MINIMIZED AVERAGE / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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