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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bu4 | ||||||
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タイトル | RIBONUCLEASE 1 COMPLEX WITH 2'GMP | ||||||
![]() | RIBONUCLEASE T1 | ||||||
![]() | ENDORIBONUCLEASE / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Loris, R. / Devos, S. / Langhorst, U. / Decanniere, K. / Bouckaert, J. / Maes, D. / Transue, T.R. / Steyaert, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conserved water molecules in a large family of microbial ribonucleases. 著者: Loris, R. / Langhorst, U. / De Vos, S. / Decanniere, K. / Bouckaert, J. / Maes, D. / Transue, T.R. / Steyaert, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11094.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-2GP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Zegers, I., (1998) Nat. Struct. Biol., 5, 280. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 7907 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 12.66 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Rsym value: 0.583 / % possible all: 92.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 7853 / 冗長度: 5.6 % / Num. measured all: 44006 / Rmerge(I) obs: 0.139 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.583 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.23 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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