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- PDB-1bsx: STRUCTURE AND SPECIFICITY OF NUCLEAR RECEPTOR-COACTIVATOR INTERACTIONS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bsx
タイトルSTRUCTURE AND SPECIFICITY OF NUCLEAR RECEPTOR-COACTIVATOR INTERACTIONS
要素
  • PROTEIN (GRIP1)
  • PROTEIN (THYROID HORMONE RECEPTOR BETA)
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / NUCLEAR RECEPTORS / COACTIVATORS / GRIP1 / SPECIFICITY INTERACTION SITE / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / thyroid hormone binding / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / thyroid hormone binding / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / retinoic acid receptor signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / sensory perception of sound / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Thyroid hormone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5,3'TRIIODOTHYRONINE / Thyroid hormone receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wagner, R.L. / Darimont, B.D. / Apriletti, J.W. / Stallcup, M.R. / Kushner, P.J. / Baxter, J.D. / Fletterick, R.J. / Yamamoto, K.R.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1998
タイトル: Structure and specificity of nuclear receptor-coactivator interactions.
著者: Darimont, B.D. / Wagner, R.L. / Apriletti, J.W. / Stallcup, M.R. / Kushner, P.J. / Baxter, J.D. / Fletterick, R.J. / Yamamoto, K.R.
履歴
登録1998年8月31日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal / pdbx_struct_assembly ...exptl_crystal / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _exptl_crystal.density_Matthews
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (THYROID HORMONE RECEPTOR BETA)
X: PROTEIN (GRIP1)
B: PROTEIN (THYROID HORMONE RECEPTOR BETA)
Y: PROTEIN (GRIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1396
ポリマ－61,8374
非ポリマー1,3022
水00
1
A: PROTEIN (THYROID HORMONE RECEPTOR BETA)
X: PROTEIN (GRIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5703
ポリマ－30,9192
非ポリマー6511
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
2
B: PROTEIN (THYROID HORMONE RECEPTOR BETA)
Y: PROTEIN (GRIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5703
ポリマ－30,9192
非ポリマー6511
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.200, 95.200, 137.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.52697, 0.84909, -0.03674), (-0.41049, 0.29214, 0.8638), (0.74418, -0.44012, 0.50249)
ベクター: -68.69247, 48.3266, -6.73853)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (THYROID HORMONE RECEPTOR BETA)


分子量: 29410.996 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HIS-TAGGED (THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY: MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHM)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P10828
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN (GRIP1) / MTIF2


分子量: 1507.738 Da / 分子数: 2 / 断片: NR-BOX2 FROM NUCLEAR RECEPTOR INTERACTION DOMAIN / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-T3 / 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE / T3 / THYROID HORMONE / LIOTHYRONINE / トリヨ-ドチロニン


分子量: 650.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12I3NO4 / コメント: ホルモン*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 4.9 / 詳細: pH 4.9
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
215 %PEG40001drop
3200 mMsodium citrate1drop
410 %PEG40001reservoir
5100 mMammonium acetate1reservoir
650 mMsodium citrate1reservoir
1peptide1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→25 Å / Num. obs: 8490 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.6→3.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.261 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 35565
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.3 % / Num. unique obs: 411

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN THYROID HORMONE RECEPTOR BETA

解像度: 3.7→100 Å / Data cutoff high rms absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 775 10 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.249 7851 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.717 Å2-2.278 Å20 Å2
2---0.717 Å20 Å2
3---1.434 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3994 0 46 0 4040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2TIT.PARTIT.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.7 Å / Num. reflection all: 7851 / Num. reflection obs: 7614 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.254
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0098
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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