マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING OSCILLATION METHOD
結晶化
pH: 7.1 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE; PH 7.1
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID
濃度
一般名
Crystal-ID
Sol-ID
1
25-30 mg/ml
protein
1
drop
2
0.010M
HEPES
1
drop
3
2.2-2.8 M
ammoniumsulfate
1
reservoir
-
データ収集
回折
平均測定温度: 298 K
放射光源
由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器
タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射
モノクロメーター: NI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.22→15 Å / Num. obs: 9182 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.69 % / Biso Wilson estimate: 54.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.22
反射 シェル
解像度: 2.22→2.28 Å / 冗長度: 1.95 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 71.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.13
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
AMoRE
位相決定
X-PLOR
3.851
精密化
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: BOVINE BETA-LACTOGLOBULIN VARIANT A IN LATTICE Z AT PH 7.1 解像度: 2.22→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2862
576
6.7 %
RANDOM
Rwork
0.2393
-
-
-
obs
0.2393
8585
86 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 53 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
0 Å2
0 Å2
3-
-
-
0 Å2
Refine analyze
Free
Obs
Luzzati coordinate error
0.6 Å
0.6 Å
Luzzati d res low
-
15 Å
Luzzati sigma a
0.72 Å
0.72 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.22→15 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
1280
0
0
100
1380
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d
0.009
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg
1.6
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d
26.3
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d
1.29
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION
x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION
x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION
x_scangle_it
LS精密化 シェル
解像度: 2.22→2.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 8