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- PDB-1bso: 12-BROMODODECANOIC ACID BINDS INSIDE THE CALYX OF BOVINE BETA-LAC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bso
タイトル12-BROMODODECANOIC ACID BINDS INSIDE THE CALYX OF BOVINE BETA-LACTOGLOBULIN
要素PROTEIN (BOVINE BETA-LACTOGLOBULIN A)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / BETA-LACTOGLOBULIN / LIGAND BINDING / X-RAY CRYSTAL STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
12-BROMODODECANOIC ACID / Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Qin, B.Y. / Creamer, L.K. / Baker, E.N. / Jameson, G.B.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1998
タイトル: 12-Bromododecanoic acid binds inside the calyx of bovine beta-lactoglobulin.
著者: Qin, B.Y. / Creamer, L.K. / Baker, E.N. / Jameson, G.B.
履歴
登録1998年8月29日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (BOVINE BETA-LACTOGLOBULIN A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6662
ポリマ－18,3871
非ポリマー2791
水1,18966
1
A: PROTEIN (BOVINE BETA-LACTOGLOBULIN A)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (BOVINE BETA-LACTOGLOBULIN A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3334
ポリマ－36,7752
非ポリマー5582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)54.026, 54.026, 112.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (BOVINE BETA-LACTOGLOBULIN A)


分子量: 18387.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BREAST / Secretion: MILK / Variant: VARIANT A / 組織: MAMMARY GLAND / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物 ChemComp-BRC / 12-BROMODODECANOIC ACID


分子量: 279.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H23BrO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING OSCILLATION METHOD
結晶化pH: 7.3
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE, pH 7.3
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
118 mg/mlprotein1drop
22.2-2.8 Mammonium sulfate1reservoir
30.20 Mcacodylic acid-KOH1reservoirpH6.1
40.20 MBis-Tris-HCl1reservoirpH6.9
50.20 MTris-HCl1reservoirpH7.7
60.20 MTAPSO-KOH1reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→15 Å / Num. obs: 9695 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.62 % / Biso Wilson estimate: 45.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 18.73
反射 シェル解像度: 2.23→2.28 Å / 冗長度: 2.64 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Rsym value: 0.548 / % possible all: 98.75
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BLGA IN LATTICE Z AT PH 7.1

解像度: 2.23→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2761 476 5.3 %RANDOM
Rwork0.2345 ---
obs0.2345 8980 92.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.5 Å
Luzzati d res low-15 Å
Luzzati sigma a-0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1286 0 15 67 1368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.32
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 903 5.9 %
Rwork0.305 57 -
obs--81.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3BRC.PARBRC.TOP
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 9184 / Num. reflection Rfree: 511 / Rfactor obs: 0.234 / Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.234
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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