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- PDB-1bsl: STRUCTURE OF ALKANAL MONOOXYGENASE BETA CHAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bsl
タイトルSTRUCTURE OF ALKANAL MONOOXYGENASE BETA CHAIN
要素BACTERIAL LUCIFERASE
キーワードFLAVOPROTEIN / PHOTOPROTEIN / LUMINESCENCE / OXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / FMN
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial luciferase / alkanal monooxygenase (FMN-linked) activity / bioluminescence / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alkanal monooxygenase / Bacterial luciferase, conserved site / Bacterial luciferase subunits signature. / Bacterial luciferase/NFP / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel ...Alkanal monooxygenase / Bacterial luciferase, conserved site / Bacterial luciferase subunits signature. / Bacterial luciferase/NFP / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkanal monooxygenase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Rayment, I. / Holden, H.M. / Thoden, J.B. / Baldwin, T.O.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Structure of the beta 2 homodimer of bacterial luciferase from Vibrio harveyi: X-ray analysis of a kinetic protein folding trap.
著者: Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Fisher, A.J. / Sinclair, J.F. / Wesenberg, G. / Baldwin, T.O. / Rayment, I.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: The 1.5-A Resolution Crystal Structure of Bacterial Luciferase in Low Salt Conditions
著者: Fisher, A.J. / Thompson, T.B. / Thoden, J.B. / Baldwin, T.O. / Rayment, I.
履歴
登録1996年10月22日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIAL LUCIFERASE
B: BACTERIAL LUCIFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7692
ポリマ－72,7692
非ポリマー00
水17,817989
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area25450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.800, 62.000, 218.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BACTERIAL LUCIFERASE


分子量: 36384.684 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07739, bacterial luciferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 989 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110-12.5 mg/mlprotein1drop
250 mMphosphate1drop
30.5 mMEDTA1drop
40.25 mMdithiothreitol1drop
50.75 Mammonium sulfate1drop
6125 mMsodium borate1drop
725 mMsuccinic1drop
81.5 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 55442 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.041
反射
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 125700
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / % possible obs: 85.1 % / Num. unique obs: 6873 / Num. measured obs: 9563 / Rmerge(I) obs: 0.18

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
XDSデータ削減
精密化解像度: 1.95→30 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.188 -
obs-55442
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5127 0 0 989 6116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg16.9
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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