[日本語] English
万見
- PDB-1bsh: SOLUTION STRUCTURE OF THE EPSILON SUBUNIT OF THE F1-ATPSYNTHASE F... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bsh
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE EPSILON SUBUNIT OF THE F1-ATPSYNTHASE FROM ESCHERICHIA COLI AND ORIENTATION OF THE SUBUNIT RELATIVE TO THE BETA SUBUNITS OF THE COMPLEX
要素PROTEIN (EPSILON SUBUNIT)
キーワードHYDROLASE / ATPSYNTHASE / F1-ATPASE / EPSILON SUBUNIT / NMR SPECTROSCOPY
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / ATP Synthase; domain 1 / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, long alpha-helix domain / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain ...ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / ATP Synthase; domain 1 / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, long alpha-helix domain / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase epsilon chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Wilkens, S. / Capaldi, R.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the epsilon subunit of the F1-ATPase from Escherichia coli and interactions of this subunit with beta subunits in the complex.
著者: Wilkens, S. / Capaldi, R.A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structural Features of the Epsilon Subunit of the Escherichia Coli ATP Synthase Determined by NMR Spectroscopy
著者: Wilkens, S. / Dahlquist, F.W. / Mcintosh, L.P. / Donaldson, L.W. / Capaldi, R.A.
履歴
登録1998年8月27日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年7月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_nmr_details ...pdbx_database_related / pdbx_nmr_details / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_related.details ..._pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_related.details / _pdbx_nmr_details.text / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_refine.details / _pdbx_nmr_refine.method / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.version / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (EPSILON SUBUNIT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9561
ポリマ－14,9561
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 30all calculated structures submitted
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (EPSILON SUBUNIT) / EC 3.6.1.34 HYDROLASE


分子量: 14956.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UNCC / プラスミド: PES2 / 遺伝子 (発現宿主): UNCC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K38, 594, DL39, 435 / 参照: UniProt: P0A6E6, EC: 3.6.1.34

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D NOESY-HSMQC
1213D TOCSY-HSMQC
1313D C(CO)NH
1413D H(CCO)NH
151SIMULTANEOUS 13C/ 15N RESOLVED NOESY
161VARIOUS 2D EXPERIMENTS
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE OF THE E. COLI ATPASE EPSILON SUBUNIT WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR EXPERIMENTS WITH 15N AND 13C/15N LABELED PROTEIN.

-
試料調製

試料状態イオン強度: 0.03 / pH: 7.4 / 圧: 10000 Pa / 温度: 295 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
GE GNGEGN5001
Varian UNITYVarianUNITY5002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1BRUNGERstructure calculation
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1 / 詳細: simulated annealing and molecular dynamics
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る