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万見
- PDB-1br4: SMOOTH MUSCLE MYOSIN MOTOR DOMAIN-ESSENTIAL LIGHT CHAIN COMPLEX W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1br4
タイトルSMOOTH MUSCLE MYOSIN MOTOR DOMAIN-ESSENTIAL LIGHT CHAIN COMPLEX WITH MGADP.BEF3 BOUND AT THE ACTIVE SITE
要素(MYOSIN) x 2
キーワードMUSCLE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin II filament / elastic fiber assembly / myofibril assembly / skeletal muscle myosin thick filament assembly / myosin light chain binding / myosin II binding / muscle myosin complex / actomyosin / myosin filament / actomyosin structure organization ...myosin II filament / elastic fiber assembly / myofibril assembly / skeletal muscle myosin thick filament assembly / myosin light chain binding / myosin II binding / muscle myosin complex / actomyosin / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / myosin heavy chain binding / myofibril / smooth muscle contraction / ADP binding / actin filament binding / actin binding / calmodulin binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #820 / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Kinesin motor domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Kinesin / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #820 / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Kinesin motor domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Kinesin / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Myosin light polypeptide 6 / Myosin-11
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Dominguez, R. / Trybus, K.M. / Cohen, C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of a vertebrate smooth muscle myosin motor domain and its complex with the essential light chain: visualization of the pre-power stroke state.
著者: Dominguez, R. / Freyzon, Y. / Trybus, K.M. / Cohen, C.
履歴
登録1998年8月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOSIN
B: MYOSIN
C: MYOSIN
D: MYOSIN
E: MYOSIN
F: MYOSIN
G: MYOSIN
H: MYOSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)444,35120
ポリマ－442,2818
非ポリマー2,07012
水1448
1
A: MYOSIN
B: MYOSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0885
ポリマ－110,5702
非ポリマー5183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area43730 Å2
手法PISA
2
C: MYOSIN
D: MYOSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0885
ポリマ－110,5702
非ポリマー5183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area43730 Å2
手法PISA
3
E: MYOSIN
F: MYOSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0885
ポリマ－110,5702
非ポリマー5183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area43630 Å2
手法PISA
4
G: MYOSIN
H: MYOSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0885
ポリマ－110,5702
非ポリマー5183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area43940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.320, 144.660, 147.290
Angle α, β, γ (deg.)111.21, 106.10, 92.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.63727, 0.75878, 0.13469), (0.76522, -0.64374, 0.00601), (0.09126, 0.09924, -0.99087)74.75926, 36.8005, 56.71992
2given(0.70766, 0.66675, 0.23381), (-0.68684, 0.72678, 0.00626), (-0.16575, -0.16502, 0.97226)-16.25359, -10.08749, 83.07092
3given(0.99662, 0.07683, -0.02907), (0.07893, -0.99368, 0.07985), (-0.02275, -0.08188, -0.99638)45.1113, 82.28576, 9.46815
4given(0.61577, 0.77684, 0.1317), (0.78282, -0.62217, 0.00974), (0.0895, 0.0971, -0.99124)73.70228, 36.52345, 56.68493
5given(0.69452, 0.67169, 0.25784), (-0.69843, 0.71546, 0.01747), (-0.17274, -0.19222, 0.96603)-16.6022, -10.1293, 83.73268
6given(0.99939, 0.02496, 0.02445), (0.0209, -0.98782, 0.15418), (0.028, -0.15357, -0.98774)46.57387, 80.63683, 12.71036

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
MYOSIN / MDE


分子量: 93697.180 Da / 分子数: 4
断片: CHAINS A, C, E, G, MOTOR DOMAIN, CHAINS B, D, F, H, ESSENTIAL LIGHT
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MG, ADP, BEF(3) / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: SMOOTH MUSCLE / 細胞株: SF9 / 器官: GIZZARD / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10587, EC: 3.6.1.32
#2: タンパク質
MYOSIN / MDE


分子量: 16873.025 Da / 分子数: 4
断片: CHAINS A, C, E, G, MOTOR DOMAIN, CHAINS B, D, F, H, ESSENTIAL LIGHT
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MG, ADP, BEF(3) / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: SMOOTH MUSCLE / 細胞株: SF9 / 器官: GIZZARD / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P02607, EC: 3.6.1.32

-
非ポリマー , 4種, 20分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7.2
詳細: 1.8M AMMONIUM SULFATE 100MM HEPES PH 7.2 2MM MGADP 2MM AL(NO3)3 8MM NAF PROTEIN CONCENTRATION: 10MG/ML TEMPERATURE: 4 DEGREES CENTIGRADE, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度単位一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
22 mMMgADP1drop
32 mMberyllium(SIGMA)1drop
5Mammonium sulfate1reservoir
6mMHEPES1reservoir
4mM1dropNaF

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.905
検出器検出器: CCD / 日付: 1997年7月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.62→20 Å / Num. obs: 75979 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 3.62→3.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 94.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 478668 / Rmerge(I) obs: 0.111
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.2 % / Rmerge(I) obs: 0.331

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SMOOTH MUSCLE MOTOR DOMAIN

解像度: 3.62→10 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.352 -5 %RANDOM
Rwork0.277 ---
obs0.277 72931 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.62→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29824 0 136 8 29968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.6

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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