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- PDB-1bqt: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF HUMAN INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bqt
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF HUMAN INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-I (IGF-I) DETERMINED BY 1H-NMR AND DISTANCE GEOMETRY, 6 STRUCTURES
要素INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-I
キーワードGROWTH FACTOR / INSULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / prostate gland stromal morphogenesis / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / type II pneumocyte differentiation ...glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / prostate gland stromal morphogenesis / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / type II pneumocyte differentiation / neuronal dense core vesicle lumen / proteoglycan biosynthetic process / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / chondroitin sulfate proteoglycan biosynthetic process / myotube cell development / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of neuroinflammatory response / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / bone mineralization involved in bone maturation / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / IRS-related events triggered by IGF1R / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / exocytic vesicle / lung vasculature development / cerebellar granule cell precursor proliferation / positive regulation of myoblast proliferation / lung lobe morphogenesis / positive regulation of myelination / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / cell activation / glial cell differentiation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / prostate gland growth / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / type B pancreatic cell proliferation / mammary gland development / exocrine pancreas development / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / myoblast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell migration / growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / negative regulation of interleukin-1 beta production / lung alveolus development / muscle organ development / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / branching morphogenesis of an epithelial tube / androgen receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / type I pneumocyte differentiation / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of activated T cell proliferation / inner ear development / myoblast proliferation / negative regulation of tumor necrosis factor production / epithelial to mesenchymal transition / blood vessel remodeling / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / activation of protein kinase B activity / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of osteoblast differentiation / SHC-related events triggered by IGF1R / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / insulin-like growth factor receptor binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of mitotic nuclear division / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of epithelial cell proliferation / skeletal system development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / growth factor activity / cellular response to glucose stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / wound healing / circadian rhythm / hormone activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / multicellular organism growth / integrin binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of fibroblast proliferation / cellular response to amyloid-beta / osteoblast differentiation / insulin receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. ...Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Sato, A. / Nishimura, S. / Ohkubo, T. / Kyogoku, Y. / Koyama, S. / Kobayashi, M. / Yasuda, T. / Kobayashi, Y.
引用
ジャーナル: Int.J.Pept.Protein Res. / 年: 1993
タイトル: Three-dimensional structure of human insulin-like growth factor-I (IGF-I) determined by 1H-NMR and distance geometry.
著者: Sato, A. / Nishimura, S. / Ohkubo, T. / Kyogoku, Y. / Koyama, S. / Kobayashi, M. / Yasuda, T. / Kobayashi, Y.
#1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1992
タイトル: 1H-NMR Assignment and Secondary Structure of Human Insulin-Like Growth Factor-I (Igf-I) in Solution
著者: Sato, A. / Nishimura, S. / Ohkubo, T. / Kyogoku, Y. / Koyama, S. / Kobayashi, M. / Yasuda, T. / Kobayashi, Y.
履歴
登録1998年8月18日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6641
ポリマ－7,6641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)6 / 100target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-I / SOMATOMEDIN C


分子量: 7663.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05019
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
121HOHAHA
131NOESY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY

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試料調製

詳細内容: H2O/D2O=9/1 CONTAINING 10 ACETIC ACID-D4
試料状態pH: 3 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
JEOL GSX500JEOLGSX5005001
Bruker AMX500BrukerAMX5005002

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解析

NMR software
名称分類
DADAS構造決定
DADAS精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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