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- PDB-1bql: STRUCTURE OF AN ANTI-HEL FAB FRAGMENT COMPLEXED WITH BOBWHITE QUA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bql
タイトルSTRUCTURE OF AN ANTI-HEL FAB FRAGMENT COMPLEXED WITH BOBWHITE QUAIL LYSOZYME
要素
  • BOBWHITE QUAIL LYSOZYME
  • HYHEL-5 FAB (HEAVY CHAIN)
  • HYHEL-5 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードANTIBODY/ANTIGEN / ANTIBODY-ANTIGEN complex / HYHEL-5 / ANTI-LYSOZYME / BOBWHITE QUAIL
機能・相同性
機能・相同性情報


metabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Colinus virginianus (コリンウズラ)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chacko, S. / Davies, D.R.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Refined structures of bobwhite quail lysozyme uncomplexed and complexed with the HyHEL-5 Fab fragment.
著者: Chacko, S. / Silverton, E.W. / Smith-Gill, S.J. / Davies, D.R. / Shick, K.A. / Xavier, K.A. / Willson, R.C. / Jeffrey, P.D. / Chang, C.Y. / Sieker, L.C. / Sheriff, S.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure of an antibody-lysozyme complex unexpected effect of conservative mutation.
著者: Chacko, S. / Silverton, E. / Kam-Morgan, L. / Smith-Gill, S. / Cohen, G. / Davies, D.
#2: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 1987
タイトル: Three-dimensional structure of an antibody-antigen complex.
著者: Sheriff, S. / Silverton, E.W. / Padlan, E.A. / Cohen, G.H. / Smith-Gill, S.J. / Finzel, B.C. / Davies, D.R.
履歴
登録1995年2月3日処理サイト: BNL
改定 1.01995年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年12月20日Group: Database references / Other
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_status
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: HYHEL-5 FAB (LIGHT CHAIN)
H: HYHEL-5 FAB (HEAVY CHAIN)
Y: BOBWHITE QUAIL LYSOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5643
ポリマ－60,5643
非ポリマー00
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.800, 74.800, 79.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 8 / 2: CIS PROLINE - PRO L 139 / 3: CIS PROLINE - PRO H 150 / 4: CIS PROLINE - PRO H 152 / 5: CIS PROLINE - PRO H 192

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要素

#1: 抗体 HYHEL-5 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23326.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1042224
#2: 抗体 HYHEL-5 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 22948.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 BOBWHITE QUAIL LYSOZYME


分子量: 14289.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Colinus virginianus (コリンウズラ)
参照: UniProt: P00700
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細COMPND FAB FRAGMENT OF AN ANTI-LYSOZYME IGG1 ANTIBODY HYHEL-5 - BOBWHITE QUAIL LYSOZYME COMPLEX.
配列の詳細THE LIGHT CHAIN OF THE FAB HAS THE CHAIN INDICATOR L. THE HEAVY CHAIN OF THE FAB HAS THE CHAIN ...THE LIGHT CHAIN OF THE FAB HAS THE CHAIN INDICATOR L. THE HEAVY CHAIN OF THE FAB HAS THE CHAIN INDICATOR H. THE LYSOZYME HAS THE CHAIN INDICATOR Y. THE NUMBERING SYSTEM USED IS SEQUENTIAL, FROM 1 - 212 FOR THE LIGHT CHAIN AND FROM 1 - 215 FOR THE HEAVY CHAIN. THE CONVERSION TO KABAT NUMBERING (E.A. KABAT, T.T. WU, M. REID-MILLER, H.M. PERRY, K.S. GOTTESMAN (1991) SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5TH ED, NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH, BETHESDA, MD) FOR THE VARIABLE REGIONS OF THE LIGHT AND HEAVY CHAINS IS GIVEN BELOW. THE NUMBERING SYSTEM USED IS THE SAME AS IN THE PDB COORDINATE FILE FOR THE WILD-TYPE HYHEL-5-LYSOZYME COMPLEX. SEQUENTIAL NUMBERING KABAT NUMBERING L1 - L27 1 - 27 L28 - L94 29 - 95 L95 - L106 97 - 108 H2 - H52 2 - 52 H53 52A H54 - H83 53 - 82 H84 - H86 82A - 82C H87 - H102 83 - 98 H103 - H116 100 - 113

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19.1 mg/mlFab1drop
23.8 mg/mlBWQL1drop
314 %PEG40001reservoir
40.1 Mimidazole1reservoirpH7.0
50.007 %spermine1reservoir

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データ収集

反射Num. obs: 18884 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 15950 / % possible obs: 80.8 % / Num. measured all: 30801 / Rmerge(I) obs: 0.074

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 --
Rwork0.191 --
obs0.191 15713 55 %
原子変位パラメータBiso mean: 22.35 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4240 0 0 86 4326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 14290 / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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