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- PDB-1bqh: MURINE CD8AA ECTODOMAIN FRAGMENT IN COMPLEX WITH H-2KB/VSV8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bqh
タイトルMURINE CD8AA ECTODOMAIN FRAGMENT IN COMPLEX WITH H-2KB/VSV8
要素
  • PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN )
  • PROTEIN (CD8A OR LYT2 OR LYT-2)
  • PROTEIN (H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN)
  • PROTEIN (VSV8)
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-CELL / CORECEPTOR / GLYCOPROTEIN / COMPLEX / IMMUNOLOGY / ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development ...cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / calcium-mediated signaling / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / defense response to virus / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / structural molecule activity / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CD8 alpha subunit / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : ...CD8 alpha subunit / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, J.H. / Reinherz, E.L. / Kern, P.S. / Chang, H.C.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 1998
タイトル: Structural basis of CD8 coreceptor function revealed by crystallographic analysis of a murine CD8alphaalpha ectodomain fragment in complex with H-2Kb.
著者: Kern, P.S. / Teng, M.K. / Smolyar, A. / Liu, J.H. / Liu, J. / Hussey, R.E. / Spoerl, R. / Chang, H.C. / Reinherz, E.L. / Wang, J.H.
履歴
登録1998年8月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN)
B: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN )
C: PROTEIN (VSV8)
D: PROTEIN (H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN)
E: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN )
F: PROTEIN (VSV8)
G: PROTEIN (CD8A OR LYT2 OR LYT-2)
H: PROTEIN (CD8A OR LYT2 OR LYT-2)
I: PROTEIN (CD8A OR LYT2 OR LYT-2)
K: PROTEIN (CD8A OR LYT2 OR LYT-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,55314
ポリマ－146,66810
非ポリマー8854
水00
1
A: PROTEIN (H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN)
B: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN )
C: PROTEIN (VSV8)
G: PROTEIN (CD8A OR LYT2 OR LYT-2)
H: PROTEIN (CD8A OR LYT2 OR LYT-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7767
ポリマ－73,3345
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: PROTEIN (H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN)
E: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN )
F: PROTEIN (VSV8)
I: PROTEIN (CD8A OR LYT2 OR LYT-2)
K: PROTEIN (CD8A OR LYT2 OR LYT-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7767
ポリマ－73,3345
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.900, 98.400, 170.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN)


分子量: 31648.322 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN )


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド PROTEIN (VSV8)


分子量: 956.078 Da / 分子数: 2 / 断片: ANTIGENIC PEPTIDE / 由来タイプ: 合成
#4: タンパク質
PROTEIN (CD8A OR LYT2 OR LYT-2)


分子量: 14512.637 Da / 分子数: 4 / 断片: IG ECTODOMAIN FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
解説: GENE FUSED TO THROMBIN CLEAVAGE SITE AND LEUCINE ZIPPER
細胞株 (発現宿主): CHO LEC 3.2.8.1 / 遺伝子 (発現宿主): CD8A / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01731
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 20-25% PEG 4K, 0.2M LI2SO4, 0.1M TRIS PH8.5
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
320-25 %PEG40001reservoir
40.2 M1reservoirLi2SO4
50.1 MTris1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.15
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.15 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→15 Å / Num. obs: 34131 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.249 / % possible all: 90.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 99259 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.7 % / Rmerge(I) obs: 0.249

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VAA

2vaa


解像度: 2.8→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 3285 10.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 32467 88.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10148 0 56 0 10204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.47
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.511
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH3.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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