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- PDB-1bpw: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM COD LIVER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bpw
タイトルBETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM COD LIVER
要素PROTEIN (ALDEHYDE DEHYDROGENASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE OXIDATION / NAD COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / carnitine biosynthetic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Gadus callarias (タイセイヨウマダラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Johansson, K. / El Ahmad, M. / Ramaswamy, S. / Hjelmqvist, L. / Jornvall, H. / Eklund, H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Structure of betaine aldehyde dehydrogenase at 2.1 A resolution.
著者: Johansson, K. / El-Ahmad, M. / Ramaswamy, S. / Hjelmqvist, L. / Jornvall, H. / Eklund, H.
履歴
登録1998年8月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ALDEHYDE DEHYDROGENASE)
B: PROTEIN (ALDEHYDE DEHYDROGENASE)
C: PROTEIN (ALDEHYDE DEHYDROGENASE)
D: PROTEIN (ALDEHYDE DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,3438
ポリマ－217,6904
非ポリマー2,6544
水7,638424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25880 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area59930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.400, 86.570, 89.810
Angle α, β, γ (deg.)105.32, 113.29, 98.16
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.8594, -0.50651, -0.06986), (-0.50641, -0.86205, 0.02044), (-0.07058, 0.01781, -0.99735)0.0093, -0.0851, 0.0817
2given(-0.91262, 0.35147, -0.20879), (0.35305, 0.42011, -0.83598), (-0.20611, -0.83664, -0.50749)0.0202, -0.0113, 0.1302
3given(-0.9473, 0.15702, 0.27921), (0.14802, -0.55844, 0.81624), (0.28409, 0.81455, 0.50577)-0.0708, -0.1729, -0.1451

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (ALDEHYDE DEHYDROGENASE) / ALDH


分子量: 54422.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NAD COMPLEX
由来: (天然) Gadus callarias (タイセイヨウマダラ)
器官: LIVER / 参照: UniProt: P56533, betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 287 K / pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT 14 DEGREES FROM 20% PEG 4000, 9.5% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, temperature 287K
結晶化
*PLUS
温度: 14 ℃ / pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.1 MHEPES1reservoir
29.5 %isopropanol1reservoir
320 %PEG40001reservoir
44 mg/mlprotein1drop
51 mMNAD+1drop
620 mMBis-Tris1drop
7150 mM1dropNaCl
80.1 mMDTE1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 275 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→80 Å / Num. obs: 49784 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rsym value: 12 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 88.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.124
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A4S

1a4s


解像度: 2.8→80 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 1565193.26 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 2508 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 49784 92.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.98 Å2-4.58 Å2-13.22 Å2
2--17.48 Å2-5 Å2
3----2.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→80 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15224 0 176 424 15824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 377 4.7 %
Rwork0.371 7567 -
obs--88.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.NADTOPOLOGY.NAD
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 38.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.39 / % reflection Rfree: 4.7 % / Rfactor Rwork: 0.371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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