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万見
- PDB-1bpl: GLYCOSYLTRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bpl
タイトルGLYCOSYLTRANSFERASE
要素(ALPHA-1,4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE) x 2
キーワードGLYCOSYLTRANSFERASE / ALPHA-1 / 4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE / ALPHA-AMYLASE GLYCOSYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Transcription Regulator spoIIAA - #90 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #140 / Alpha-amylase, thermostable / Alpha-amylase C-terminal, prokaryotic / Alpha-amylase C-terminal / Transcription Regulator spoIIAA / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II ...Transcription Regulator spoIIAA - #90 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #140 / Alpha-amylase, thermostable / Alpha-amylase C-terminal, prokaryotic / Alpha-amylase C-terminal / Transcription Regulator spoIIAA / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Machius, M. / Wiegand, G. / Huber, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of calcium-depleted Bacillus licheniformis alpha-amylase at 2.2 A resolution.
著者: Machius, M. / Wiegand, G. / Huber, R.
履歴
登録1995年7月13日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-1,4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE
B: ALPHA-1,4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3162
ポリマ－55,3162
非ポリマー00
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.800, 119.800, 85.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-1,4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE / ALPHA-AMYLASE (BLA)


分子量: 21807.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus licheniformis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06278, alpha-amylase
#2: タンパク質 ALPHA-1,4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE / ALPHA-AMYLASE (BLA)


分子量: 33508.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus licheniformis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06278, alpha-amylase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE CALCIUM FREE FORM OF BLA IS CLEAVED AFTER GLU 189 DUE TO TRACE AMOUNTS OF A GLU-C-ENDOPEPTIDASE ...THE CALCIUM FREE FORM OF BLA IS CLEAVED AFTER GLU 189 DUE TO TRACE AMOUNTS OF A GLU-C-ENDOPEPTIDASE PRESENT IN THE PREPARATION. WITHOUT THIS CLEAVAGE, BLA DID NOT CRYSTALLIZE UNDER THE CONDITIONS APPLIED. DUE TO THIS CLEAVAGE, THE REGION BETWEEN TRP 182 AND ASN 192 IS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. IN ADDITION THE FIRST TWO (N TERMINAL) RESIDUES ALA 1 AND ASN 2 AS WELL AS THE C-TERMINAL ARG 483 ARE NOT VISIBLE. A RAMACHANDRAN PLOT SHOWS THAT TYR 150, WHICH IS WELL DEFINED IN THE DENSITY, IS IN THE DISALLOWED REGION. ARG 134 HAS BEEN MODELED AS LEU AS THIS FITS BETTER INTO THE ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2
詳細: MOLECULE: ALPHA-1,4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE FROM BACILLUS LICHENIFORMIS. VAPOR DIFFUSION, ROOM TEMPERATURE PROTEIN SOLUTION: 15 MG/ML BLA IN 0.4 M SODIUM CITRATE 2.5 MM EDTA, PH 8.2 ...詳細: MOLECULE: ALPHA-1,4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE FROM BACILLUS LICHENIFORMIS. VAPOR DIFFUSION, ROOM TEMPERATURE PROTEIN SOLUTION: 15 MG/ML BLA IN 0.4 M SODIUM CITRATE 2.5 MM EDTA, PH 8.2 RESERVOIR: 0.66 M SODIUM CITRATE, 2.5 MM EDTA, PH 8.2 CALCIUM REMOVAL BY EDTA LEADS TO A CLEAVAGE OF BLA AFTER GLU 189 DUE TO TRACE AMOUNTS OF A GLU-C-ENDOPEPTIDASE PRESENT IN THE PREPARATION (SEE PAPER)., vapor diffusion
Temp details: room temp
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.4 Msodium citrate1drop
22.5 mMEDTA1drop
315 mg/mlBLA1drop
40.60-0.69 Msodium citrate1reservoir
52.5 mMEDTA1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月9日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 0
詳細: THE CALCIUM FREE FORM OF BLA IS CLEAVED AFTER GLU 189 DUE TO TRACE AMOUNTS OF A GLU-C-ENDOPEPTIDASE PRESENT IN THE PREPARATION. WITHOUT THIS CLEAVAGE, BLA DID NOT CRYSTALLIZE UNDER THE ...詳細: THE CALCIUM FREE FORM OF BLA IS CLEAVED AFTER GLU 189 DUE TO TRACE AMOUNTS OF A GLU-C-ENDOPEPTIDASE PRESENT IN THE PREPARATION. WITHOUT THIS CLEAVAGE, BLA DID NOT CRYSTALLIZE UNDER THE CONDITIONS APPLIED. DUE TO THIS CLEAVAGE, THE REGION BETWEEN TRP 182 AND ASN 192 IS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. IN ADDITION THE FIRST TWO (N TERMINAL) RESIDUES ALA 1 AND ASN 2 AS WELL AS THE C-TERMINAL ARG 483 ARE NOT VISIBLE. A RAMACHANDRAN PLOT SHOWS THAT TYR 150, WHICH IS WELL DEFINED IN THE DENSITY, IS IN THE DISALLOWED REGION. ARG 134 HAS BEEN MODELED AS LEU AS THIS FITS BETTER INTO THE ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.167 --
obs0.167 28093 89.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 20.37 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4033 0 0 237 4270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.32
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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