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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bpd | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA: EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM | ||||||
要素 | DNA POLYMERASE BETA | ||||||
キーワード | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ ...Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / spleen development / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / response to gamma radiation / spindle microtubule / 塩基除去修復 / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / response to ethanol / neuron apoptotic process / 微小管 / in utero embryonic development / DNA複製 / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / 炎症 / apoptotic process / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / DNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Sawaya, M.R. / Pelletier, H. / Kumar, A. / Wilson, S.H. / Kraut, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of rat DNA polymerase beta: evidence for a common polymerase mechanism. 著者: Sawaya, M.R. / Pelletier, H. / Kumar, A. / Wilson, S.H. / Kraut, J. #1: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: Structures of Ternary Complexes of Rat DNA Polymerase Beta, a DNA Template-Primer, and ddCTP 著者: Pelletier, H. / Sawaya, M.R. / Wilson, S.H. / Kraut, J. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990 タイトル: Studies of the Domain Structure of Mammalian DNA Polymerase Beta. Identification of a Discrete Template Binding Domain 著者: Kumar, A. / Widen, S.G. / Williams, K.R. / Kedar, P. / Karpel, R.L. / Wilson, S.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bpd.cif.gz | 75.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bpd.ent.gz | 56.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bpd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/1bpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/1bpd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38388.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P06766, DNAポリメラーゼ | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||
非ポリマーの詳細 | RESIDUE PHO IS PROBABLY PHOSPHATE OR SULFATE ANION IN THE DEOXYNUCLE配列の詳細 | THE N-TERMINAL METHIONINE IS INCLUDED IN THE GENE SEQUENCE EVEN THOUGH IT IS REMOVED AFTER ...THE N-TERMINAL METHIONINE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.6 Å / Num. obs: 4153 / Num. measured all: 14621 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 3.6→20 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→20 Å
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拘束条件 |
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