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- PDB-1bp8: 4:2:1 mithramycin:Mg++:d(ACCCGGGT)2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bp8
タイトル4:2:1 mithramycin:Mg++:d(ACCCGGGT)2 complex
要素5'-D(*AP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*T)-3'
キーワードDNA / MITHRAMYCIN / OLIGONUCLEOTIDE
機能・相同性Chem-DXB / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / FULL RELAXATION MATRIX ANALYSIS, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Keniry, M.A. / Owen, E.A. / Shafer, R.H.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2000
タイトル: The three-dimensional structure of the 4:1 mithramycin:d(ACCCGGGT)2 complex: evidence for an interaction between the E saccharides
著者: Keniry, M.A. / Owen, E.A. / Shafer, R.H.
履歴
登録1998年8月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年10月2日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / ndb_struct_conf_na ...atom_site / ndb_struct_conf_na / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,26116
ポリマ－4,8552
非ポリマー4,40514
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area9960 Å2
ΔGint125 kcal/mol
Surface area1860 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 7
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*T)-3'


分子量: 2427.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: FOUR MOLECULES OF MITHRAMYCIN (PLICAMYCIN) (RESIDUES DDA-DDA-DXB-DDA-DDL-DDB, CHAINS C, D, E, F) BOUND IN THE MINOR GROOVE. Oxygens of the MITHRAMYCIN chromophore (residue DXB) are complexed with Mg++
#2: 多糖
beta-D-Olivopyranose-(1-3)-beta-D-Olivopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 278.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DOlib1-3DOlib1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[ad122m-1b_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2,6-dideoxy-3-C-methyl-beta-D-ribo-hexopyranose-(1-3)-2,6-dideoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta- ...2,6-dideoxy-3-C-methyl-beta-D-ribo-hexopyranose-(1-3)-2,6-dideoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-Olivopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 422.468 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[ad122m-1b_1-5][ad112m-1b_1-5][ad622m-1b_1-5_3*C]/1-2-3/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2-deoxy-Fucp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Allp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-DXB / 1,2-HYDRO-1-OXY-3,4-HYDRO-3-(1-METHOXY-2-OXY-3,4-DIHYDROXYPENTYL)-8,9-DIHYDROXY-7-METHYL-ANTHRACENE


分子量: 388.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24O7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121PCOSY
131TOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR TWO DIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY

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試料調製

試料状態pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA 600 / 製造業者: Varian / モデル: INOVA 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CHARMM23.2MSI, WALTHAM , MA精密化
VNMR構造決定
MARDIGRAS構造決定
CORMA CHARMMCHARMM構造決定
精密化手法: FULL RELAXATION MATRIX ANALYSIS, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JOURNAL CITATION ABOVE
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 7 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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