PDB-1bp8: 4:2:1 mithramycin:Mg++:d(ACCCGGGT)2 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bp8

タイトル

4:2:1 mithramycin:Mg++:d(ACCCGGGT)2 complex

要素

5'-D(*AP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*T)-3'

キーワード

DNA / MITHRAMYCIN / OLIGONUCLEOTIDE

機能・相同性

Chem-DXB / DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / FULL RELAXATION MATRIX ANALYSIS, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Keniry, M.A. / Owen, E.A. / Shafer, R.H.

引用

ジャーナル: Biopolymers / 年: 2000
タイトル: The three-dimensional structure of the 4:1 mithramycin:d(ACCCGGGT)2 complex: evidence for an interaction between the E saccharides
著者: Keniry, M.A. / Owen, E.A. / Shafer, R.H.

履歴

登録	1998年8月13日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年10月2日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / ndb_struct_conf_na ...atom_site / ndb_struct_conf_na / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bp8.cif.gz	35 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bp8.ent.gz	26.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bp8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/1bp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/1bp8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6rc7-d 1ccq-d 5nq4-d 1ijc-d 1f94-d 1kpz-d 1fv5-d 1qm7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*AP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*T)-3'

B: 5'-D(*AP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*T)-3'

ヘテロ分子

9.26 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 7
代表モデル

#1: DNA鎖

5'-D(*AP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*T)-3'

分子量: 2427.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: FOUR MOLECULES OF MITHRAMYCIN (PLICAMYCIN) (RESIDUES DDA-DDA-DXB-DDA-DDL-DDB, CHAINS C, D, E, F) BOUND IN THE MINOR GROOVE. Oxygens of the MITHRAMYCIN chromophore (residue DXB) are complexed with Mg++

#2: 多糖

beta-D-Olivopyranose-(1-3)-beta-D-Olivopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 278.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DOlib1-3DOlib1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[ad122m-1b_1-5]/1-1/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2,6-dideoxy-3-C-methyl-beta-D-ribo-hexopyranose-(1-3)-2,6-dideoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 422.468 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[ad122m-1b_1-5][ad112m-1b_1-5][ad622m-1b_1-5_3*C]/1-2-3/a3-b1_b3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2-deoxy-Fucp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Allp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#5: 化合物

ChemComp-DXB / 1,2-HYDRO-1-OXY-3,4-HYDRO-3-(1-METHOXY-2-OXY-3,4-DIHYDROXYPENTYL)-8,9-DIHYDROXY-7-METHYL-ANTHRACENE

分子量: 388.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄O₇

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	PCOSY
1	3	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR TWO DIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY

-
試料調製

試料状態	pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA 600 / 製造業者: Varian / モデル: INOVA 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CHARMM	23.2	MSI, WALTHAM , MA	精密化
VNMR			構造決定
MARDIGRAS			構造決定
CORMA CHARMM	CHARMM		構造決定

精密化

手法: FULL RELAXATION MATRIX ANALYSIS, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JOURNAL CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 7 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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