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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bos | |||||||||
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タイトル | SHIGA-LIKE TOXIN COMPLEXED WITH ITS RECEPTOR | |||||||||
要素 | SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT | |||||||||
キーワード | TOXIN / RECEPTOR BINDING / PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / OB-FOLD | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated modulation of host virulence / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Phage h30 (ファージ) Enterobacteria phage H-19B (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Ling, H. / Boodhoo, A. / Hazes, B. / Cummings, M.D. / Armstrong, G.D. / Brunton, J.L. / Read, R.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structure of the shiga-like toxin I B-pentamer complexed with an analogue of its receptor Gb3. 著者: Ling, H. / Boodhoo, A. / Hazes, B. / Cummings, M.D. / Armstrong, G.D. / Brunton, J.L. / Read, R.J. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1992 タイトル: Crystal Structure of the Cell-Binding B Oligomer of Verotoxin-1 from E. Coli 著者: Stein, P.E. / Boodhoo, A. / Tyrrell, G.J. / Brunton, J.L. / Read, R.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bos.cif.gz | 317 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bos.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 1bos.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bos_validation.pdf.gz | 13.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bos_full_validation.pdf.gz | 13.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1bos_validation.xml.gz | 52.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bos_validation.cif.gz | 77 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/1bos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/1bos | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bov S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7698.634 Da / 分子数: 20 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 詳細: COMPLEXED WITH PK-MCO, AN ANALOGUE OF GB3 (GLOBOTRIAOSYL CERAMIDE) 由来: (組換発現) Phage h30, Enterobacteria phage H-19B 属: , Lambda-like viruses / 生物種: , / 株: , / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08027, UniProt: P69179*PLUS #2: 多糖 | alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose #4: 糖 | ChemComp-GAL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % 解説: ALTHOUGH THE HIGH RESOLUTION DATA HAVE VERY POOR STATISTICS, A STATISTICAL ANALYSIS PRESENTED IN THE STRUCTURE REPORT INDICATED USEFUL INFORMATION TO 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M18X / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→21 Å / Num. obs: 41759 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rsym value: 0.176 / Net I/σ(I): 3.37 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / 冗長度: 1.75 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 0.581 / Rsym value: 0.476 / % possible all: 57.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 113473 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 57.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BOV 1bov 解像度: 2.8→21 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: CROSS-VALIDATION DATA ARE LIKELY TO BE SOMEWHAT OVER-FIT BECAUSE OF THE HIGH DEGREE OF NCS. CARBOHYDRATE PARAMETER AND TOPOLOGY FILES PARAM3.CHO AND TOPH3_MOD.CHO WERE OBTAINED FROM BILL WEIS.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→21 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 1
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.288 |