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- PDB-1bo9: NMR SOLUTION STRUCTURE OF DOMAIN 1 OF HUMAN ANNEXIN I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bo9
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF DOMAIN 1 OF HUMAN ANNEXIN I
要素PROTEIN (ANNEXIN I)
キーワードMETAL TRANSPORT / DOMAIN 1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-1 production / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / granulocyte chemotaxis / regulation of leukocyte migration / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / phospholipase A2 inhibitor activity / regulation of hormone secretion / positive regulation of vesicle fusion / neutrophil clearance / positive regulation of neutrophil apoptotic process ...regulation of interleukin-1 production / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / granulocyte chemotaxis / regulation of leukocyte migration / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / phospholipase A2 inhibitor activity / regulation of hormone secretion / positive regulation of vesicle fusion / neutrophil clearance / positive regulation of neutrophil apoptotic process / peptide cross-linking / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-8 production / cornified envelope / neutrophil activation / neutrophil homeostasis / calcium-dependent phospholipid binding / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / vesicle membrane / negative regulation of exocytosis / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / motile cilium / arachidonate secretion / cellular response to glucocorticoid stimulus / positive regulation of wound healing / phosphatidylserine binding / monocyte chemotaxis / lateral plasma membrane / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / phagocytosis / phagocytic cup / keratinocyte differentiation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / adherens junction / sarcolemma / phospholipid binding / calcium-dependent protein binding / regulation of cell shape / : / actin cytoskeleton organization / regulation of inflammatory response / vesicle / early endosome membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / G alpha (i) signalling events / basolateral plasma membrane / G alpha (q) signalling events / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / endosome / apical plasma membrane / inflammatory response / signaling receptor binding / innate immune response / focal adhesion / lipid binding / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A1 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A1 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Gao, J. / Yan Li, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: NMR solution structure of domain 1 of human annexin I shows an autonomous folding unit.
著者: Gao, J. / Li, Y. / Yan, H.
履歴
登録1998年8月10日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ANNEXIN I)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0231
ポリマ－8,0231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ANNEXIN I) / LIPOCORTIN I / CALPACTIN II / CHROMOBINDIN 9 / P35 / PHOSPHOLIPASE A2 INHIBITORY PROTEIN


分子量: 8023.305 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04083

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED PROTEIN.

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試料調製

試料状態pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1 / 詳細: DG/SA
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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