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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bno | ||||||
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タイトル | NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE | ||||||
要素 | DNA POLYMERASE BETA | ||||||
キーワード | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE (DNA-BINDING) / N-TERMINAL DOMAIN / DNA POLYMERASE BETA / SINGLE-STRANDED DNA-BINDING / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / salivary gland morphogenesis ...Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / salivary gland morphogenesis / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / spleen development / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / spindle microtubule / response to gamma radiation / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / DNA replication / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / in utero embryonic development / microtubule / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / inflammatory response / DNA damage response / apoptotic process / enzyme binding / protein-containing complex / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR | ||||||
データ登録者 | Liu, D.-J. / Prasad, R. / Wilson, S.H. / Derose, E.F. / Mullen, G.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Three-dimensional solution structure of the N-terminal domain of DNA polymerase beta and mapping of the ssDNA interaction interface. 著者: Liu, D. / Prasad, R. / Wilson, S.H. / DeRose, E.F. / Mullen, G.P. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Assignments of 1H, 15N, and 13C Resonances for the Backbone and Side Chains of the N-Terminal Domain of DNA Polymerase Beta. Determination of the Secondary Structure and Tertiary Contacts 著者: Liu, D. / Derose, E.F. / Prasad, R. / Wilson, S.H. / Mullen, G.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bno.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bno.ent.gz | 28.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bno.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bno | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9632.298 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1 - 87 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PRSET-8K / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06766, DNA-directed DNA polymerase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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-試料調製
試料状態 | pH: 6.7 / 温度: 300 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
ソフトウェア |
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NMR software |
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NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: MINIMIZED AVERAGE / 計算したコンフォーマーの数: 55 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |