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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bnf | ||||||
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タイトル | BARNASE T70C/S92C DISULFIDE MUTANT | ||||||
要素 | BARNASE | ||||||
キーワード | ENDONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Clarke, J. / Henrick, K. / Fersht, A.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Disulfide mutants of barnase. I: Changes in stability and structure assessed by biophysical methods and X-ray crystallography. 著者: Clarke, J. / Henrick, K. / Fersht, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bnf.cif.gz | 74.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bnf.ent.gz | 60.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bnf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bnf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12416.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 遺伝子: BARNASE / プラスミド: PTZ18 DERIVED / 遺伝子 (発現宿主): BARNASE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 37.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / タイプ: SRS |
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検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 20982 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.41 % / Rmerge(I) obs: 0.122 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10.3 Å / Num. measured all: 50660 / Rmerge(I) obs: 0.122 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→6 Å / σ(F): 0 詳細: SSBOND THERE IS TWO-FOLD DISORDER IN THE ENGINEERED DISULFIDE BOND IN ALL THREE CHAINS, A, B, AND C.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 20982 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |