PDB-1bnf: BARNASE T70C/S92C DISULFIDE MUTANT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bnf

タイトル

BARNASE T70C/S92C DISULFIDE MUTANT

要素

BARNASE

キーワード

ENDONUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Clarke, J. / Henrick, K. / Fersht, A.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Disulfide mutants of barnase. I: Changes in stability and structure assessed by biophysical methods and X-ray crystallography.
著者: Clarke, J. / Henrick, K. / Fersht, A.R.

履歴

登録	1995年3月31日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1995年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bnf.cif.gz	78.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bnf.ent.gz	59.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bneC 1bngC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1brg-1 1bsb-1 1bsa-1 1bse-2 1brh-3 1ban-1 1ban-2 1bns-1 1gov-1 2f5m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BARNASE

B: BARNASE

C: BARNASE

37.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BARNASE

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BARNASE

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: BARNASE

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.140, 59.140, 81.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	BARNASE 分子量: 12416.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 遺伝子: BARNASE / プラスミド: PTZ18 DERIVED / 遺伝子 (発現宿主): BARNASE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 %

結晶

*PLUS

溶媒含有率: 37.3 %

結晶化

*PLUS

pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	5-20 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM		1	drop	Na2HPO4
3	25 mM	Tris-HCl	1	drop
4	1 mM	EDTA	1	drop
5	1 mM	dithiothreitol	1	drop
6	35-40 %	PEG8000	1	reservoir
7	50 mM	sodium acetate	1	reservoir
8	50 mM	sodium cacodylate	1	reservoir
9	5 mM	sodium phosphate	1	reservoir

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / タイプ: SRS
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	Num. obs: 20982 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.41 % / R_merge(I) obs: 0.122
反射	PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10.3 Å / Num. measured all: 50660 / R_merge(I) obs*: 0.122

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MOSFLM	データ削減
PROLSQ	精密化

精密化

解像度: 2→6 Å / σ(F): 0
詳細: SSBOND THERE IS TWO-FOLD DISORDER IN THE ENGINEERED DISULFIDE BOND IN ALL THREE CHAINS, A, B, AND C.

	R_factor	反射数
obs	0.173	50660

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2543	0	0	228	2771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.014	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.042	0.04
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.043	0.05
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	0.949	1.5
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it	1.453	2
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	1.826	2
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it	2.541	3
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.012	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.119	0.12
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd	0.151	0.2
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd	0.149	0.2
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd	0.138	0.2
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor	2.139	3
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor	15.219	20
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor	18.898	15
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

ソフトウェア

*PLUS

名称: PROLSQ / 分類: refinement

精密化

*PLUS

Num. reflection obs: 20982

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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