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- PDB-1bnf: BARNASE T70C/S92C DISULFIDE MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bnf
タイトルBARNASE T70C/S92C DISULFIDE MUTANT
要素BARNASE
キーワードENDONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Barnase / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / ribonuclease / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Clarke, J. / Henrick, K. / Fersht, A.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 1995
タイトル: Disulfide mutants of barnase. I: Changes in stability and structure assessed by biophysical methods and X-ray crystallography.
著者: Clarke, J. / Henrick, K. / Fersht, A.R.
履歴
登録1995年3月31日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BARNASE
B: BARNASE
C: BARNASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2503
ポリマ-37,2503
非ポリマー00
4,107228
1
A: BARNASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4171
ポリマ-12,4171
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BARNASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4171
ポリマ-12,4171
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BARNASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4171
ポリマ-12,4171
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.140, 59.140, 81.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質 BARNASE


分子量: 12416.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
遺伝子: BARNASE / プラスミド: PTZ18 DERIVED / 遺伝子 (発現宿主): BARNASE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 37.3 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-20 mg/mlprotein1drop
210 mM1dropNa2HPO4
325 mMTris-HCl1drop
41 mMEDTA1drop
51 mMdithiothreitol1drop
635-40 %PEG80001reservoir
750 mMsodium acetate1reservoir
850 mMsodium cacodylate1reservoir
95 mMsodium phosphate1reservoir

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / タイプ: SRS
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 20982 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.41 % / Rmerge(I) obs: 0.122
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10.3 Å / Num. measured all: 50660 / Rmerge(I) obs: 0.122

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
PROLSQ精密化
精密化解像度: 2→6 Å / σ(F): 0
詳細: SSBOND THERE IS TWO-FOLD DISORDER IN THE ENGINEERED DISULFIDE BOND IN ALL THREE CHAINS, A, B, AND C.
Rfactor反射数
obs0.173 50660
原子変位パラメータBiso mean: 13.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2543 0 0 228 2771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0420.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0430.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.9491.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.4532
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.8262
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.5413
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1190.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1510.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1490.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1380.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.1393
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.21920
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor18.89815
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 20982
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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