[日本語] English
万見
- PDB-1bnd: STRUCTURE OF THE BRAIN-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR(SLASH)NEUROTRO... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bnd
タイトルSTRUCTURE OF THE BRAIN-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR(SLASH)NEUROTROPHIN 3 HETERODIMER
要素
  • BRAIN DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR
  • NEUROTROPHIN 3
キーワードCOMPLEX (GROWTH FACTOR/GROWTH FACTOR) / NEUROTROPHIN / COMPLEX (GROWTH FACTOR-GROWTH FACTOR) COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / NTF3 activates NTRK3 signaling / BDNF activates NTRK2 (TRKB) signaling / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / nerve growth factor receptor binding / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands ...positive regulation of brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / NTF3 activates NTRK3 signaling / BDNF activates NTRK2 (TRKB) signaling / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / nerve growth factor receptor binding / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / negative regulation of myotube differentiation / Activated NTRK2 signals through CDK5 / nerve growth factor signaling pathway / NTRK2 activates RAC1 / nerve development / regulation of protein localization to cell surface / collateral sprouting / Activated NTRK2 signals through FYN / positive regulation of collateral sprouting / induction of positive chemotaxis / Activated NTRK2 signals through PI3K / Activated NTRK3 signals through PI3K / positive regulation of synapse assembly / chemoattractant activity / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of receptor internalization / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / synapse assembly / NPAS4 regulates expression of target genes / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / neuron projection morphogenesis / positive regulation of receptor binding / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / synaptic vesicle / nervous system development / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / axon / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brain-derived neurotrophic factor / Neurotrophin-3 / Neutrophin-3, N-terminal / Neutrophin-3 N-terminus / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. ...Brain-derived neurotrophic factor / Neurotrophin-3 / Neutrophin-3, N-terminal / Neutrophin-3 N-terminus / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Neurotrophin-3 / Neurotrophic factor BDNF precursor form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Radziejewski, C. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Structure of the brain-derived neurotrophic factor/neurotrophin 3 heterodimer.
著者: Robinson, R.C. / Radziejewski, C. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Heterodimers of the Neurotrophic Factors: Formation, Isolation, and Differential Stability
著者: Radziejewski, C. / Robinson, R.C.
履歴
登録1994年12月12日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BRAIN DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR
B: NEUROTROPHIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2513
ポリマ－27,1912
非ポリマー601
水1,26170
1
A: BRAIN DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR
B: NEUROTROPHIN 3
ヘテロ分子

A: BRAIN DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR
B: NEUROTROPHIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5026
ポリマ－54,3824
非ポリマー1202
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
手法PQS
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.400, 45.100, 68.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO B 47

-
要素

#1: タンパク質 BRAIN DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR / BDNF


分子量: 13534.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: SUPPLIED BY REGENERON PHARM.; / 器官: BRAIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23560
#2: タンパク質 NEUROTROPHIN 3 / NT3


分子量: 13656.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HETERODIMER / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: SUPPLIED BY REGENERON PHARM.; / 器官: BRAIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20783
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
210 %(w/v)PEG40001reservoir
310 %(v/v)2-propanol1reservoir
40.1 Msodium citrate1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年1月4日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 11771 / % possible obs: 93.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 11691 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.36 Å / % possible obs: 85.6 % / Num. unique obs: 1455 / Rmerge(I) obs: 0.15

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.182 -
obs0.182 11691
原子変位パラメータBiso mean: 45.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1722 0 4 70 1796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.89
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.354.35
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.656.65
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.354.35
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.656.65
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.36 Å / Total num. of bins used: 9 / Num. reflection obs: 1455 / Rfactor all: 0.324

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る