PDB-1bn7: HALOALKANE DEHALOGENASE FROM A RHODOCOCCUS SPECIES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bn7

タイトル

HALOALKANE DEHALOGENASE FROM A RHODOCOCCUS SPECIES

要素

HALOALKANE DEHALOGENASE

キーワード

HYDROLASE / DEHALOGENASE / ALPHA/BETA-HYDROLASE / DHLA

機能・相同性

機能・相同性情報

haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Newman, J. / Peat, T.S. / Richard, R. / Kan, L. / Swanson, P.E. / Affholter, J.A. / Holmes, I.H. / Schindler, J.F. / Unkefer, C.J. / Terwilliger, T.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Haloalkane dehalogenases: structure of a Rhodococcus enzyme.
著者: Newman, J. / Peat, T.S. / Richard, R. / Kan, L. / Swanson, P.E. / Affholter, J.A. / Holmes, I.H. / Schindler, J.F. / Unkefer, C.J. / Terwilliger, T.C.

履歴

登録	1998年7月31日	処理サイト: BNL
改定 1.0	2000年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bn7.cif.gz	80.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bn7.ent.gz	60.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bn7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1bn7_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1bn7_full_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示
XML形式データ	1bn7_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	1bn7_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bn7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bn6C 1cqwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uy1-2 6sp5-2 5y2y-1 6y7b-1 5vnp-2 1edb-d 1bn6-d 7at3-2 1sg8-2 1lhg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HALOALKANE DEHALOGENASE

ヘテロ分子

33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.630, 79.890, 42.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	HALOALKANE DEHALOGENASE 分子量: 33367.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59336, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.8 %

結晶化

pH: 5.5 / 詳細: pH 5.50

結晶化

*PLUS

温度: 8 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	5 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM	Tris-SO4	1	drop
3	25 %	PEG1500	1	reservoir
4	0.1 M	MES	1	reservoir
5	0.3 M	sodium acetate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.8157
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8157 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 52882 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 12.6 Å² / R_sym value: 0.032 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.48→1.56 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / R_sym value: 0.093 / % possible all: 87.5
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.032
反射シェル	PLUS % possible obs: 87.5 % / R_merge(I) obs*: 0.093

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	0.3	精密化
SOLVE		位相決定
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
CNS	0.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.5→50 Å / R_factor R_free error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: MLF

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.178	2593	5 %	RANDOM
R_work	0.158	-	-	-
obs	0.158	51658	98.4 %	-

溶媒の処理

B_sol: 55.7 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.15 Å	0.13 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.08 Å	0.04 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2310	0	4	369	2683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.021
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.8
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.31
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	0.26	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	0.45	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	0.18	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	0.31	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.59 Å / R_factor R_free error: 0.009 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	449	5.4 %
R_work	0.16	7939	-
obs	-	-	97.4 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ACT.PARAM	ACT.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: MLF / 分類: refinement

精密化

*PLUS

Num. reflection obs: 51664 / R_factor obs: 0.159 / R_factor R_free: 0.179 / R_factor R_work: 0.159

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.79
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	23.4
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	1.31

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関連情報:EMDBヘッダ

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