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- PDB-1bmv: PROTEIN-RNA INTERACTIONS IN AN ICOSAHEDRAL VIRUS AT 3.0 ANGSTROMS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bmv
タイトルPROTEIN-RNA INTERACTIONS IN AN ICOSAHEDRAL VIRUS AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - A DOMAIN)
  • PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - B AND C DOMAIN)
  • RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3')
キーワードVirus/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / SINGLE STRAND / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / GTP binding / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Large coat protein / RNA2 polyprotein / Large coat protein / Small coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA2 polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bean pod mottle virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Chen, Z. / Stauffacher, C. / Li, Y. / Schmidt, T. / Bomu, W. / Kamer, G. / Shanks, M. / Lomonossoff, G. / Johnson, J.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Protein-RNA interactions in an icosahedral virus at 3.0 A resolution.
著者: Chen, Z.G. / Stauffacher, C. / Li, Y. / Schmidt, T. / Bomu, W. / Kamer, G. / Shanks, M. / Lomonossoff, G. / Johnson, J.E.
履歴
登録1989年10月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01989年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 700SHEET DOMAIN *1* CONTAINS A TEN-STRANDED BETA BARREL DESIGNATED * S1* ON THE SHEET RECORDS BELOW. ...SHEET DOMAIN *1* CONTAINS A TEN-STRANDED BETA BARREL DESIGNATED * S1* ON THE SHEET RECORDS BELOW. DOMAIN *2* AND DOMAIN *3* EACH CONTAIN AN EIGHT-STRANDED BETA BARREL DESIGNATED *S21* AND * S3* RESPECTIVELY. A BETA BARREL IS REPRESENTED BY A SET OF SHEET RECORDS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THUS THESE THREE BETA BARRELS ARE REPRESENTED BY SETS OF SHEET RECORDS WITH NINE OR ELEVEN STRANDS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3')
1: PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - A DOMAIN)
2: PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - B AND C DOMAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6683
ポリマ－66,6683
非ポリマー00
水00
1
M: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3')
1: PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - A DOMAIN)
2: PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - B AND C DOMAIN)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,000,100180
ポリマ－4,000,100180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3')
1: PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - A DOMAIN)
2: PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - B AND C DOMAIN)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 333 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,34215
ポリマ－333,34215
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
M: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3')
1: PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - A DOMAIN)
2: PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - B AND C DOMAIN)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 400 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)400,01018
ポリマ－400,01018
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
M: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3')
1: PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - A DOMAIN)
2: PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - B AND C DOMAIN)
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,000,05090
ポリマ－2,000,05090
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)311.200, 284.200, 350.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.87340982, 0.3763848), (0.87340815, 0.41723961, 0.25113314), (-0.37638408, 0.25113314, 0.89177738)53.6571, -67.82301, 29.22746
3generate(-0.80901699, -0.53979695, 0.23261859), (0.53979592, -0.52568651, 0.65747509), (-0.23261815, 0.65747509, 0.71666952)140.4761, -41.91692, 18.06356
4generate(-0.80901699, 0.53979695, -0.23261859), (-0.53979592, -0.52568651, 0.65747509), (0.23261815, 0.65747509, 0.71666952)140.4761, 41.91692, -18.06356
5generate(0.30901699, 0.87340982, -0.3763848), (-0.87340815, 0.41723961, 0.25113314), (0.37638408, 0.25113314, 0.89177738)53.6571, 67.82301, -29.22746
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17generate(-1), (-0.95727443, -0.28918104), (-0.28918104, 0.95727443)155.30656
18generate(-0.30901699, 0.87340982, -0.3763848), (-0.72724815, -0.47203575, -0.49828844), (-0.61287592, 0.11974555, 0.78105274)101.64946, 56.4732, 47.59183
19generate(0.80901699, 0.53979695, -0.23261859), (-0.44946408, 0.31309692, -0.83663133), (-0.37877815, 0.78140266, 0.49592007)14.83046, 34.90236, 29.41337
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21generate(0.98926189, 0.14616028), (0.14616, 0.14459052, -0.97863722), (-0.98926, 0.02136279, -0.14459052)77.65328, -11.3498, 76.81928
22generate(0.80901699, 0.44946494, 0.37877887), (0.53979592, -0.31309692, -0.78140266), (-0.23261815, 0.83663133, -0.49592007)14.83046, -41.91692, 18.06356
23generate(0.5, -0.42394488, 0.75516367), (0.18745222, -0.7983356, -0.57229526), (0.84549407, 0.42770474, -0.31969838)38.82664, -14.55628, -65.65539
24generate(-0.5, -0.42394488, 0.75516367), (-0.42394407, -0.64054215, -0.64029433), (0.75516222, -0.64029433, 0.14054215)116.47992, 32.92065, -58.64082
25generate(-0.80901699, 0.44946494, 0.37877887), (-0.44946408, -0.05778176, -0.89142746), (-0.37877815, -0.89142746, 0.24876477)140.4761, 34.90236, 29.41337
26generate(-0.5, 0.42394488, -0.75516367), (-0.42394407, 0.64054215, 0.64029433), (0.75516222, 0.64029433, -0.14054215)116.47992, 32.92065, -58.64082
27generate(0.5, 0.42394488, -0.75516367), (0.18745222, 0.7983356, 0.57229526), (0.84549407, -0.42770474, 0.31969838)38.82664, -14.55628, -65.65539
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29generate(-0.98926189, -0.14616028), (0.14616, -0.14459052, 0.97863722), (-0.98926, -0.02136279, 0.14459052)77.65328, -11.3498, 76.81928
30generate(-0.80901699, -0.44946494, -0.37877887), (-0.44946408, 0.05778176, 0.89142746), (-0.37877815, 0.89142746, -0.24876477)140.4761, 34.90236, 29.41337

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3')


分子量: 3530.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: M
#2: タンパク質 PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - A DOMAIN)


分子量: 21914.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bean pod mottle virus (ウイルス) / 属: Comovirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P23009
#3: タンパク質 PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - B AND C DOMAIN)


分子量: 41223.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bean pod mottle virus (ウイルス) / 属: Comovirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P23009
配列の詳細ELEVEN RIBONUCLEOTIDES ARE LOCATED INSIDE THE CAPSID PROTEIN. THEIR BASE TYPES ARE QUITE ARBITRARY. ...ELEVEN RIBONUCLEOTIDES ARE LOCATED INSIDE THE CAPSID PROTEIN. THEIR BASE TYPES ARE QUITE ARBITRARY. ONLY THE CONFORMATION OF THE FIRST SEVEN RIBONUCLEOTIDES ARE DEFINED WITH CONFIDENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Sehnke, P.C., (1988) J. Crystal Growth, 90, 222.

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / タイプ: CHESS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 3 Å / Num. obs: 698453 / Observed criterion σ(I): 2
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.096

-
解析

ソフトウェア分類: 精密化
精密化解像度: 3→7 Å / Rfactor obs: 0.33 / σ(F): 3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4375 238 0 0 4613
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.33
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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