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- PDB-1bm9: REPLICATION TERMINATOR PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bm9
タイトルREPLICATION TERMINATOR PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS
要素REPLICATION TERMINATOR PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / CONTRAHELICASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication termination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Replication terminator protein / Replication terminator protein / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication termination protein / Replication termination protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bussiere, D.E. / Bastia, D. / White, S.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the replication terminator protein from B. subtilis at 2.6 A.
著者: Bussiere, D.E. / Bastia, D. / White, S.W.
履歴
登録1998年7月29日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REPLICATION TERMINATOR PROTEIN
B: REPLICATION TERMINATOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0942
ポリマ－29,0942
非ポリマー00
水3,117173
1
A: REPLICATION TERMINATOR PROTEIN

A: REPLICATION TERMINATOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0942
ポリマ－29,0942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3080 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13850 Å2
手法PISA, PQS
2
B: REPLICATION TERMINATOR PROTEIN

B: REPLICATION TERMINATOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0942
ポリマ－29,0942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area3170 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.191, 52.686, 70.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.1813, 0.1268, 0.9752), (-0.0021, 0.9916, -0.1294), (-0.9834, -0.0255, -0.1795)
ベクター: -29.317, -13.241, 86.5338)

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要素

#1: タンパク質 REPLICATION TERMINATOR PROTEIN / RTP / TER


分子量: 14547.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: RTP / プラスミド: PET-13A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): RTP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P68732, UniProt: P0CI76*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS DNA-BINDING PROTEIN IS A DIMER OF TWO WINGED HELIX MOTIFS JOINED BY AN ANTIPARALLEL COILED- ...THIS DNA-BINDING PROTEIN IS A DIMER OF TWO WINGED HELIX MOTIFS JOINED BY AN ANTIPARALLEL COILED-COIL AT THE C-TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 %(w/v)PEG20001reservoir
20.125 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年6月1日 / 詳細: CRYSTAL/COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→10 Å / Num. obs: 16299 / % possible obs: 84.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 70
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
CNS0.3精密化
R-AXISデータ削減
R-AXISデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high rms absF: 501847.89 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1263 7.7 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 16299 84.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.71 Å20 Å20.28 Å2
2---4.51 Å20 Å2
3----0.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2010 0 0 173 2183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 165 8.4 %
Rwork0.299 1808 -
obs--61.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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