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- PDB-1blb: CLOSE PACKING OF AN OLIGOMERIC EYE LENS BETA-CRYSTALLIN INDUCES L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1blb
タイトルCLOSE PACKING OF AN OLIGOMERIC EYE LENS BETA-CRYSTALLIN INDUCES LOSS OF SYMMETRY AND ORDERING OF SEQUENCE EXTENSIONS
要素BETA B2-CRYSTALLIN
キーワードEYE LENS PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception
類似検索 - 分子機能
Crystallins / : / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-crystallin B2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Nalini, V. / Bax, B. / Driessen, H. / Moss, D.S. / Lindley, P.F. / Slingsby, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Close packing of an oligomeric eye lens beta-crystallin induces loss of symmetry and ordering of sequence extensions.
著者: Nalini, V. / Bax, B. / Driessen, H. / Moss, D.S. / Lindley, P.F. / Slingsby, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1991
タイトル: Structure of Oligomeric Betab2-Crystallin: An Application of the T2 Translation Function to an Asymmetric Unit Containing Two Dimers
著者: Driessen, H.P.C. / Bax, B. / Slingsby, C. / Lindley, P.F. / Mahadevan, D. / Moss, D.S. / Tickle, I.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Preliminary X-Ray Crystallographic Study of the Principle Subunit of the Lens Structural Protein, Bovine Beta-Crystallin
著者: Slingsby, C. / Miller, L.R. / Berbers, G.A.M.
履歴
登録1993年12月22日処理サイト: BNL
改定 1.01994年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA B2-CRYSTALLIN
B: BETA B2-CRYSTALLIN
C: BETA B2-CRYSTALLIN
D: BETA B2-CRYSTALLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7904
ポリマ－92,7904
非ポリマー00
水00
1
A: BETA B2-CRYSTALLIN
B: BETA B2-CRYSTALLIN

A: BETA B2-CRYSTALLIN
B: BETA B2-CRYSTALLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7904
ポリマ－92,7904
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
2
C: BETA B2-CRYSTALLIN
D: BETA B2-CRYSTALLIN

C: BETA B2-CRYSTALLIN
D: BETA B2-CRYSTALLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7904
ポリマ－92,7904
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)154.710, 165.900, 78.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 41 / 2: CIS PROLINE - PRO B 41 / 3: CIS PROLINE - PRO C 41 / 4: CIS PROLINE - PRO D 41

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要素

#1: タンパク質
BETA B2-CRYSTALLIN


分子量: 23197.621 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: LENS / 参照: UniProt: P02522
配列の詳細THE SEQUENCE PRESENTED IN THIS ENTRY DIFFERS FROM THAT OF SWISS-PROT ENTRY CRB2_BOVINE WHICH WAS ...THE SEQUENCE PRESENTED IN THIS ENTRY DIFFERS FROM THAT OF SWISS-PROT ENTRY CRB2_BOVINE WHICH WAS BASED ON THE AUTHOR'S PREVIOUS WORK (H.P.C. DRIESSEN ET AL. (1981). EUR. J. BIOCHEM. VOLUME 121, PAGES 83 - 91). SUBSEQUENTLY, SOME CORRECTIONS WERE PUBLISHED BASED ON THE NUCLEOTIDE SEQUENCE. THE SEQUENCE PRESENTED IN THIS ENTRY IS FROM D. HOGG, ET AL. (1987). NUCLEOTIDE SEQUENCE FOR THE CDNA OF THE BOVINE BETAB2 CRYSTALLIN AND ASSIGNMENT OF THE ORTHOLOGOUS HUMAN LOCUS TO CHROMOSOME 22, CURRENT EYE RESEARCH, VOLUME 6, PAGES 1335 - 1342.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 54 %
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.2 / PH range high: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14 %(w/w)protein1drop
20.05 MTris-acetate1drop
30.02 %(w/v)sodium azide1drop
41 mMdithiothreitol1drop
535 %(w/v)MPD1reservoir
60.05 MTris-acetate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
RESTRAIN精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化最高解像度: 3.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5941 0 0 0 5941
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Rfactor obs: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg3.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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