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万見
- PDB-1bk6: KARYOPHERIN ALPHA (YEAST) + SV40 T ANTIGEN NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bk6
タイトルKARYOPHERIN ALPHA (YEAST) + SV40 T ANTIGEN NLS
要素
  • (LARGE T ANTIGEN) x 2
  • KARYOPHERIN ALPHA
キーワードCOMPLEX (PROTEIN TRANSPORT/PEPTIDE) / PROTEIN TRANSPORT / NLS NUCLEAR IMPORT / ARMADILLO REPEAT CONTAINING PROTEIN / COMPLEX (PROTEIN TRANSPORT-PEPTIDE) / COMPLEX (PROTEIN TRANSPORT-PEPTIDE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome localization / import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / protein targeting to membrane / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / disordered domain specific binding / protein import into nucleus / nuclear envelope ...proteasome localization / import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / protein targeting to membrane / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / disordered domain specific binding / protein import into nucleus / nuclear envelope / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Conti, E. / Uy, M. / Leighton, L. / Blobel, G. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Crystallographic analysis of the recognition of a nuclear localization signal by the nuclear import factor karyopherin alpha.
著者: Conti, E. / Uy, M. / Leighton, L. / Blobel, G. / Kuriyan, J.
履歴
登録1998年7月14日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KARYOPHERIN ALPHA
C: LARGE T ANTIGEN
D: LARGE T ANTIGEN
B: KARYOPHERIN ALPHA
E: LARGE T ANTIGEN
F: LARGE T ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9986
ポリマ－95,9986
非ポリマー00
水21612
1
A: KARYOPHERIN ALPHA
C: LARGE T ANTIGEN
D: LARGE T ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9993
ポリマ－47,9993
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: KARYOPHERIN ALPHA
E: LARGE T ANTIGEN
F: LARGE T ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9993
ポリマ－47,9993
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.120, 75.750, 84.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 KARYOPHERIN ALPHA / IMPORTIN ALPHA / SRP1P


分子量: 46718.426 Da / 分子数: 2 / 断片: ARMADILLO DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: W303 / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASMIC/NUCLEAR / 遺伝子: SRP1 / プラスミド: PPROEX-HTB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q02821
#2: タンパク質・ペプチド LARGE T ANTIGEN


分子量: 791.059 Da / 分子数: 2 / 断片: NLS (NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NLS PEPTIDE AT THE LARGER (FUNCTIONAL) BINDING SITE
#3: タンパク質・ペプチド LARGE T ANTIGEN


分子量: 489.608 Da / 分子数: 2 / 断片: NLS (NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NLS PEPTIDE AT THE SMALLER BINDING SITE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
118-20 %(w/v)PEG40001reservoir
2200 mMsodium acetate1reservoir
3100 mMHEPES1reservoir
420 mM1reservoirCoCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.1 Å / Num. obs: 22717 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Rsym value: 0.188 / % possible all: 82.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 270860 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.2 % / Rmerge(I) obs: 0.188

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.2位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: UNLIGANDED KARYOPHERIN ALPHA

解像度: 2.8→29.1 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 -3.5 %RANDOM
Rwork0.256 ---
obs0.256 22717 86.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.043 Å20 Å20 Å2
2---19.147 Å20 Å2
3---4.105 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6488 0 0 12 6500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.87
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.737
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 -3.5 %
Rwork0.296 1072 -
obs--82.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.2 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.737
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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