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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bk6 | ||||||
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タイトル | KARYOPHERIN ALPHA (YEAST) + SV40 T ANTIGEN NLS | ||||||
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![]() | COMPLEX (PROTEIN TRANSPORT/PEPTIDE) / PROTEIN TRANSPORT / NLS NUCLEAR IMPORT / ARMADILLO REPEAT CONTAINING PROTEIN / COMPLEX (PROTEIN TRANSPORT-PEPTIDE) / COMPLEX (PROTEIN TRANSPORT-PEPTIDE) complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome localization / import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / protein targeting to membrane / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / protein import into nucleus / disordered domain specific binding / nuclear envelope ...proteasome localization / import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / protein targeting to membrane / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / protein import into nucleus / disordered domain specific binding / nuclear envelope / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Conti, E. / Uy, M. / Leighton, L. / Blobel, G. / Kuriyan, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic analysis of the recognition of a nuclear localization signal by the nuclear import factor karyopherin alpha. 著者: Conti, E. / Uy, M. / Leighton, L. / Blobel, G. / Kuriyan, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 166.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 385.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 403.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46718.426 Da / 分子数: 2 / 断片: ARMADILLO DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: W303 / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASMIC/NUCLEAR / 遺伝子: SRP1 / プラスミド: PPROEX-HTB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 791.059 Da / 分子数: 2 / 断片: NLS (NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NLS PEPTIDE AT THE LARGER (FUNCTIONAL) BINDING SITE #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 489.608 Da / 分子数: 2 / 断片: NLS (NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NLS PEPTIDE AT THE SMALLER BINDING SITE #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→29.1 Å / Num. obs: 22717 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Rsym value: 0.188 / % possible all: 82.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 270860 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.2 % / Rmerge(I) obs: 0.188 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: UNLIGANDED KARYOPHERIN ALPHA 解像度: 2.8→29.1 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / Total num. of bins used: 18
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.2 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.296 |