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- PDB-1bk0: ISOPENICILLIN N SYNTHASE FROM ASPERGILLUS NIDULANS (ACV-FE COMPLEX) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bk0
タイトルISOPENICILLIN N SYNTHASE FROM ASPERGILLUS NIDULANS (ACV-FE COMPLEX)
要素ISOPENICILLIN N SYNTHASE
キーワードB-LACTAM ANTIBIOTIC / OXYGENASE / PENICILLIN BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopenicillin N synthase signature 1. / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase ...Isopenicillin N synthase signature 1. / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / : / Isopenicillin N synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Roach, P.L. / Clifton, I.J. / Hensgens, C.M.H. / Shibata, N. / Schofield, C.J. / Hajdu, J. / Baldwin, J.E.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Structure of isopenicillin N synthase complexed with substrate and the mechanism of penicillin formation.
著者: Roach, P.L. / Clifton, I.J. / Hensgens, C.M. / Shibata, N. / Schofield, C.J. / Hajdu, J. / Baldwin, J.E.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of Isopenicillin N Synthase is the First from a New Structural Family of Enzymes
著者: Roach, P.L. / Clifton, I.J. / Fulop, V. / Harlos, K. / Barton, G.J. / Hajdu, J. / Andersson, I. / Schofield, C.J. / Baldwin, J.E.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies on Recombinant Isopenicillin N Synthase from Aspergillus Nidulans
著者: Roach, P.L. / Schofield, C.J. / Baldwin, J.E. / Clifton, I.J. / Hajdu, J.
履歴
登録1998年7月14日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ISOPENICILLIN N SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0794
ポリマ－37,5641
非ポリマー5153
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.800, 71.500, 101.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ISOPENICILLIN N SYNTHASE


分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans (カビ) / 遺伝子: PCB C / プラスミド: PJB703 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-ACV / L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / δ-(L-α-アミノアジポイル)-L-システイニル-D-バリン


分子量: 363.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N3O6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Roach, P.L., (1996) Eur. J. Biochem., 242, 736.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.8 Mlithium sulfate1reservoir
2100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.997
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月1日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→25 Å / Num. obs: 80233 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.21 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 3.04 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 267069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.2 % / Num. unique obs: 7714 / Num. measured obs: 25182

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IPS

1ips


解像度: 1.3→12.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT AND EXTRA STATISTICS GENERATED WITH X-PLOR 3.851. ESD FROM LUZZATI PLOT (A) : 0.13 LOW RESOLUTION CUTOFF (A) : 5.0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 3214 4 %RANDOM
Rwork0.1725 ---
obs-80111 95.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 11.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→12.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2631 0 30 323 2984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.891.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.372
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.452
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.272.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.1725
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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