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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1biu | ||||||
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タイトル | HIV-1 INTEGRASE CORE DOMAIN COMPLEXED WITH MG++ | ||||||
![]() | HIV-1 INTEGRASE | ||||||
![]() | DNA INTEGRATION / INTEGRASE / HIV / HYDROLASE / ASPARTYL PROTEASE / ENDONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Goldgur, Y. / Dyda, F. / Hickman, A.B. / Jenkins, T.M. / Craigie, R. / Davies, D.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium. 著者: Goldgur, Y. / Dyda, F. / Hickman, A.B. / Jenkins, T.M. / Craigie, R. / Davies, D.R. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of HIV-1 Integrase: Similarity to Other Polynucleotidyl Transferases 著者: Dyda, F. / Hickman, A.B. / Jenkins, T.M. / Engelman, A. / Craigie, R. / Davies, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18123.639 Da / 分子数: 3 / 断片: CORE DOMAIN / 変異: W131E, F185K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000, 100 MM HEPES, PH 7.0, 5 MM DTT, 5 MM MGCL2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.95 Å / Num. obs: 20883 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / % possible all: 83.8 |
反射 | *PLUS % possible obs: 96 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ITG Rfactor Rfree error: 0.009 / 最高解像度: 2.5 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.072 / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.41 |