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- PDB-1bi7: MECHANISM OF G1 CYCLIN DEPENDENT KINASE INHIBITION FROM THE STRUC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bi7
タイトルMECHANISM OF G1 CYCLIN DEPENDENT KINASE INHIBITION FROM THE STRUCTURE OF THE CDK6-P16INK4A TUMOR SUPPRESSOR COMPLEX
要素
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
  • MULTIPLE TUMOR SUPPRESSOR
キーワードCOMPLEX (KINASE/ANTI-ONCOGENE) / CYCLIN DEPENDENT KINASE / CYCLIN DEPENDENT KINASE INHIBITORY PROTEIN / CDK / INK4 / CELL CYCLE / MULTIPLE TUMOR SUPPRESSOR / MTS1 / COMPLEX (KINASE-ANTI-ONCOGENE) / COMPLEX (KINASE-ANTI-ONCOGENE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of macrophage apoptotic process / senescence-associated heterochromatin focus / cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 ...positive regulation of macrophage apoptotic process / senescence-associated heterochromatin focus / cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of phosphorylation / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of myeloid cell differentiation / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation / astrocyte development / dentate gyrus development / regulation of cell motility / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / gliogenesis / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of cell-matrix adhesion / generation of neurons / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell cycle / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of cellular senescence / replicative senescence / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of osteoblast differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / NF-kappaB binding / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / ruffle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Notch signaling pathway / cyclin binding / regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of cell growth / Oncogene Induced Senescence / response to virus / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Cyclin D associated events in G1 / cellular senescence / T cell differentiation in thymus / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Ras protein signal transduction / regulation of cell cycle / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / cell division / protein serine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cyclin-dependent kinase 6 / Ankyrin repeat-containing domain / : / Ankyrin repeat region circular profile. / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...: / Cyclin-dependent kinase 6 / Ankyrin repeat-containing domain / : / Ankyrin repeat region circular profile. / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A / Cyclin-dependent kinase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換, 多波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Russo, A.A. / Tong, L. / Lee, J.O. / Jeffrey, P.D. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Structural basis for inhibition of the cyclin-dependent kinase Cdk6 by the tumour suppressor p16INK4a.
著者: Russo, A.A. / Tong, L. / Lee, J.O. / Jeffrey, P.D. / Pavletich, N.P.
履歴
登録1998年6月22日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
B: MULTIPLE TUMOR SUPPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5432
ポリマ－53,5432
非ポリマー00
水00
1
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
B: MULTIPLE TUMOR SUPPRESSOR

A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
B: MULTIPLE TUMOR SUPPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,0864
ポリマ－107,0864
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)123.100, 123.100, 112.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 / CDK6


分子量: 36987.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: SPODOPTERA FRUGIPERDA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): HI5
参照: UniProt: Q00534, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: タンパク質 MULTIPLE TUMOR SUPPRESSOR / P16INK4A / MTS1


分子量: 16555.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: SPODOPTERA FRUGIPERDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: P42771

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.08 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
111 %isopropanol1reservoir
240 mMHEPES-Na1reservoir
35 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
検出器検出器: CCD / 日付: 1997年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→20 Å / Num. obs: 12443 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 68633 / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, 多波長異常分散
解像度: 3.4→10 Å / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33 562 4.8 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 11109 94.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3311 0 0 0 3311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.94
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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