[日本語] English
万見
- PDB-1bh0: STRUCTURE OF A GLUCAGON ANALOG -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bh0
タイトルSTRUCTURE OF A GLUCAGON ANALOG
要素GLUCAGON
キーワードSYNTHETIC HORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon receptor binding / protein kinase A signaling / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucagon stimulus / regulation of insulin secretion ...glucagon receptor binding / protein kinase A signaling / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucagon stimulus / regulation of insulin secretion / response to activity / gluconeogenesis / hormone activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon signaling in metabolic regulation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / glucose homeostasis / secretory granule lumen / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucagon / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones
類似検索 - ドメイン・相同性
手法X線回折 / ISOMORPHOUS TO EXISTING NATIVE GLUCAGON STRUCTURE / 解像度: 3 Å
データ登録者Sturm, N.S. / Lin, Y. / Burley, S.K. / Krstenansky, J.L. / Ahn, J.-M. / Azizeh, B.Y. / Trivedi, D. / Hruby, V.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1998
タイトル: Structure-function studies on positions 17, 18, and 21 replacement analogues of glucagon: the importance of charged residues and salt bridges in glucagon biological activity.
著者: Sturm, N.S. / Lin, Y. / Burley, S.K. / Krstenansky, J.L. / Ahn, J.M. / Azizeh, B.Y. / Trivedi, D. / Hruby, V.J.
履歴
登録1998年6月11日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GLUCAGON


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4451
ポリマ－3,4451
非ポリマー00
水00
1
A: GLUCAGON

A: GLUCAGON

A: GLUCAGON


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3343
ポリマ－10,3343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation7_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)47.900, 47.900, 47.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド GLUCAGON


分子量: 3444.780 Da / 分子数: 1 / 変異: R17K, R18K, D21E / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SOLID PHASE PEPTIDE SYNTHESIS / 参照: UniProt: P01275

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化手法: slow cooling of saturated soln
詳細: SLOW COOLING OF HEATED SUPERSATURATED SOLUTION, slow cooling of saturated soln
結晶化
*PLUS
温度: 50 ℃ / pH: 9.24 / 手法: batch method / 詳細: cooled down from 50degree
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
20.2 Mphosphate11
1protein114.40mg

-
データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1985年6月1日
放射モノクロメーター: MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 3 Å / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS TO EXISTING NATIVE GLUCAGON STRUCTURE
解像度: 3→6 Å / σ(F): 2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数242 0 0 0 242
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.253
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.3

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る