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万見
- PDB-1bgf: STAT-4 N-DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bgf
タイトルSTAT-4 N-DOMAIN
要素STAT-4
キーワードTRANSCRIPTION FACTOR / REGULATION / DNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-21 signaling / leukocyte proliferation / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / Interleukin-35 Signalling / hematopoietic stem cell homeostasis / cytokine-mediated signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding ...Interleukin-21 signaling / leukocyte proliferation / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / Interleukin-35 Signalling / hematopoietic stem cell homeostasis / cytokine-mediated signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal transducer and activator of transcription 4 / STAT4, SH2 domain / : / Transcription Factor, Stat-4 / STAT transcription factor, N-terminal domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : ...Signal transducer and activator of transcription 4 / STAT4, SH2 domain / : / Transcription Factor, Stat-4 / STAT transcription factor, N-terminal domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / p53-like transcription factor, DNA-binding / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal transducer and activator of transcription 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Vinkemeier, U. / Moarefi, I. / Darnell, J.E. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Structure of the amino-terminal protein interaction domain of STAT-4.
著者: Vinkemeier, U. / Moarefi, I. / Darnell Jr., J.E. / Kuriyan, J.
履歴
登録1998年5月28日処理サイト: BNL
改定 1.01998年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STAT-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5041
ポリマ－14,5041
非ポリマー00
水2,900161
1
A: STAT-4

A: STAT-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0072
ポリマ－29,0072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+5/61
単位格子
Length a, b, c (Å)79.500, 79.500, 84.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-236-

HOH

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要素

#1: タンパク質 STAT-4


分子量: 14503.691 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P42228
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.2 M1reservoirNaCH3COO
20.1 MTris-HCl1reservoir
317 %PEG40001reservoir
420 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 1.45 Å / Num. obs: 237647 / % possible obs: 96.4 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 19.6
反射
*PLUS
Num. obs: 27594 / Num. measured all: 237647 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.7 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3.01精密化
X-PLOR3位相決定
精密化最高解像度: 1.45 Å / 交差検証法: FREE R
Rfactor%反射Selection details
Rfree0.216 5 %RANDOM
Rwork0.188 --
obs0.188 --
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1018 0 0 161 1179
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 3.01 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection all: 26655 / Num. reflection obs: 25285 / σ(F): 2 / Rfactor all: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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