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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bex | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF RUTHENIUM-MODIFIED PSEUDOMONAS AERUGINOSA AZURIN | ||||||
![]() | AZURIN | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / AZURIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Faham, S. / Day, M.W. / Rees, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of ruthenium-modified Pseudomonas aeruginosa azurin and [Ru(2,2'-bipyridine)2(imidazole)2]SO4 x 10H2O. 著者: Faham, S. / Day, M.W. / Connick, W.B. / Crane, B.R. / Di Bilio, A.J. / Schaefer, W.P. / Rees, D.C. / Gray, H.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 574.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 581.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ag0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.73261, -0.15783, 0.66209), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13961.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: 30% PEG 4000, 100 MM LINO3,20 MM CUCL2,100 MM TRIS PH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 11083 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.017 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 |
反射 | *PLUS Num. all: 13540 / Num. measured all: 38571 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.17 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1AG0 解像度: 2.3→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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