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- PDB-1beo: BETA-CRYPTOGEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1beo
タイトルBETA-CRYPTOGEIN
要素BETA-CRYPTOGEIN
キーワードFUNGAL TOXIC ELICITOR / ELICITIN / TOXIN / PLANT PATHOGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-cryptogein / Elicitin domain / Elicitin / Elicitin superfamily / Elicitin / Elicitin / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-elicitin cryptogein
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora cryptogea (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, NATIVE DATA / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Boissy, G. / De La Fortelle, E. / Kahn, R. / Huet, J.C. / Bricogne, G. / Pernollet, J.C. / Brunie, S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a fungal elicitor secreted by Phytophthora cryptogea, a member of a novel class of plant necrotic proteins.
著者: Boissy, G. / de La Fortelle, E. / Kahn, R. / Huet, J.C. / Bricogne, G. / Pernollet, J.C. / Brunie, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Beta-Cryptogein, a Toxic Elicitin Secreted by the Phytopathogenic Fungus Phytophthora Cryptogea
著者: Guilloteau, J.P. / Nespoulous, C. / Huet, J.C. / Beauvais, F. / Pernollet, J.C. / Brunie, S.
履歴
登録1996年8月2日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-CRYPTOGEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3411
ポリマ－10,3411
非ポリマー00
水1,18966
1
A: BETA-CRYPTOGEIN

A: BETA-CRYPTOGEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6822
ポリマ－20,6822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)46.510, 46.510, 134.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 BETA-CRYPTOGEIN / BETA-ELICITIN OF PHYTOPHTHORA CRYPTOGEA


分子量: 10340.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phytophthora cryptogea (真核生物) / 参照: UniProt: P15570
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
解説: PHASING: 4 WAVELENGTHS MAD DATA COLLECTION IN THE VICINITY OF THE PLATINUM LIII ABSORPTION EDGE (ESRF D2AM, 26-08-95).
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 4.85 M NACL, PH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding / PH range low: 10 / PH range high: 4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
175 mg/mlprotein1drop
20.02 %1dropNaN3
310 mM1dropNaCl
44.85 M1reservoirNaCl
550 mMsodium acetate1reservoir
650 mMTris-HCl1reservoircan be replaced by 50mM CAPS

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月22日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 7864 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rsym value: 0.032
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. measured all: 35101 / Rmerge(I) obs: 0.032
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SHARP位相決定
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, NATIVE DATA / 解像度: 2.2→7 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 -7.5 %
Rwork0.218 --
obs0.218 6987 -
原子変位パラメータBiso mean: 37.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数717 0 0 66 783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 7583 / Num. reflection Rfree: 596
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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