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- PDB-1bek: EFFECT OF UNNATURAL HEME SUBSTITUTION ON KINETICS OF ELECTRON TRA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bek
タイトルEFFECT OF UNNATURAL HEME SUBSTITUTION ON KINETICS OF ELECTRON TRANSFER IN CYTOCHROME C PEROXIDASE
要素YEAST CYTOCHROME C PEROXIDASE
キーワードPEROXIDASE / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Miller, M.A. / Kraut, J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Effect of Unnatural Heme Substitution on Kinetics of Electron Transfer in Cytochrome C Peroxidase
著者: Miller, M.A. / Millett, F. / Durham, B. / Kraut, J. / Mei, H.K. / Ashford, V.A. / Xuong, N.-H. / Kraut, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: X-Ray Structures of Recombinant Yeast Cytochrome C Peroxidase and Three Heme-Cleft Mutants Prepared by Site-Directed Mutagenesis
著者: Wang, J.M. / Mauro, M. / Edwards, S.L. / Oatley, S.J. / Fishel, L.A. / Ashford, V.A. / Xuong, N.H. / Kraut, J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1984
タイトル: Crystal Structure of Yeast Cytochrome C Peroxidase Refined at 1.7-A Resolution
著者: Finzel, B.C. / Poulos, T.L. / Kraut, J.
履歴
登録1998年5月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YEAST CYTOCHROME C PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7512
ポリマ－33,1351
非ポリマー6161
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.018, 74.206, 45.478
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 YEAST CYTOCHROME C PEROXIDASE


分子量: 33134.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE NATURALLY OCCURRING PROTOHEME REPLACED BY MESOHEME (2,4-CH2-CH3 PORPHYRIN)
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS ENZYME WAS PURIFIED IN THE APO FORM, THEN RECONSTITUTED WITH THE UNNATURAL MESOHEME PROSTHETIC ...THIS ENZYME WAS PURIFIED IN THE APO FORM, THEN RECONSTITUTED WITH THE UNNATURAL MESOHEME PROSTHETIC GROUP. THE SUBSTITUTION SHIFTED THE ABSORPTION SPECTRUM MAXIMA ABOUT 8 NM TO THE BLUE.
配列の詳細THIS CYTOCHROME C PEROXIDASE DIFFERS FROM THE PREVIOUSLY DEPOSITED STRUCTURE (PROTEIN DATA BANK ...THIS CYTOCHROME C PEROXIDASE DIFFERS FROM THE PREVIOUSLY DEPOSITED STRUCTURE (PROTEIN DATA BANK ENTRY 2CYP) BY TWO STRAIN-RELATED SEQUENCE DIFFERENCES: THR 53 TO ILE AND ASP 152 TO GLY, AND THE ADDITION OF MET-ILE AT THE N-TERMINUS, HENCE CCP(MI). THE OVERALL STRUCTURE IS THE SAME AS THE PREVIOUSLY DEPOSITED ONE BUT IN A DIFFERENT CELL PACKING. RESIDUES ARE NUMBERED TO BE CONSISTENT WITH THE SEQUENCE OF THE NATIVE (2CYP) STRUCTURE. THUS THE FIRST TWO RESIDUES HAVE RESIDUE NUMBERS -1 AND 0, RESPECTIVELY. THE NATIVE STRUCTURE IS AVAILABLE FROM THE PDB AS ENTRY 1CCP AND THREE HEME-CLEFT MUTANTS PREPARED BY SITE-DIRECTED MUTAGENESIS, CCP(MI,W51F), CCP(MI,W191F), AND CCP(MI,D235N), ARE ALSO AVAILABLE FROM THE PROTEIN DATA BANK AS ENTRIES 2CCP, 3CCP, AND 4CPP, RESPECTIVELY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 6 / 詳細: 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE; 30% MPD, pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 17694 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.08421
反射 シェル最高解像度: 2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Rsym value: 0.17

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→20 Å
詳細: THE SOLUTION WAS OBTAINED USING A>B>C AS THE UNIT CELL PARAMETERS. COORDINATES FOR RESIDUES -1, 0 AND 1 ARE NOT INCLUDED IN THIS ENTRY BECAUSE THESE RESIDUES COULD NOT BE RESOLVED IN THE ...詳細: THE SOLUTION WAS OBTAINED USING A>B>C AS THE UNIT CELL PARAMETERS. COORDINATES FOR RESIDUES -1, 0 AND 1 ARE NOT INCLUDED IN THIS ENTRY BECAUSE THESE RESIDUES COULD NOT BE RESOLVED IN THE FINAL ELECTRON DENSITY MAPS. ALTHOUGH COORDINATES FOR RESIDUE 2 ARE INCLUDED, THEY ARE NOT WELL DEFINED DUE TO VERY LARGE TEMPERATURE FACTORS (OVER 100 ANGSTROMS SQUARED).
Rfactor反射数%反射
all0.165 --
obs-17709 95 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2305 0 43 164 2512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.523
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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