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- PDB-1bec: BETA CHAIN OF A T CELL ANTIGEN RECEPTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bec
タイトルBETA CHAIN OF A T CELL ANTIGEN RECEPTOR
要素14.3.D T CELL ANTIGEN RECEPTOR
キーワードRECEPTOR / T CELL RECEPTOR
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bentley, G.A. / Boulot, G. / Karjalainen, K. / Mariuzza, R.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the beta chain of a T cell antigen receptor.
著者: Bentley, G.A. / Boulot, G. / Karjalainen, K. / Mariuzza, R.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallisation and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of the Beta Chain of a T-Cell Antigen Receptor
著者: Boulot, G. / Bentley, G.A. / Karjalainen, K. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録1995年2月28日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年7月17日Group: Atomic model / Data collection / Refinement description
カテゴリ: atom_site / software
Item: _atom_site.occupancy / _software.classification / _software.name
改定 2.12019年8月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _software.classification / _software.name
改定 2.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14.3.D T CELL ANTIGEN RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5681
ポリマ－26,5681
非ポリマー00
水1,964109
1
A: 14.3.D T CELL ANTIGEN RECEPTOR

A: 14.3.D T CELL ANTIGEN RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1372
ポリマ－53,1372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.600, 36.600, 71.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 8 / 2: CIS PROLINE - PRO 154
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-337-

HOH

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要素

#1: タンパク質 14.3.D T CELL ANTIGEN RECEPTOR


分子量: 26568.490 Da / 分子数: 1 / 変異: N24Q, N74Q, N121Q, N236V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: J558L / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8K1Z5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15.8 mg/mlprotein1drop
27.3 mMTris1drop
325 mMHEPES1drop
418.3 mM1dropNaCl
51.0 %(w/v)PEG40001dropdrop
60.75 %satammonium sulfate1
70.014 %agarose1drop
84 %PEG40001reservoir
90.1 MHEPES1reservoir
103 %ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月1日
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 25371 / % possible obs: 95.6 % / Num. measured all: 60827 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.76 Å / % possible obs: 95.1 % / Rmerge(I) obs: 0.399

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.7→7 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
Rwork0.198 -
obs0.198 21745
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1826 0 0 109 1935
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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