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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bdv | ||||||
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タイトル | ARC FV10 COCRYSTAL | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION/DNA / GENE-REGULATING PROTEIN / GENE REGULATION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage P22 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Schildbach, J.F. / Karzai, A.W. / Raumann, B.E. / Sauer, R.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: Origins of DNA-binding specificity: role of protein contacts with the DNA backbone. 著者: Schildbach, J.F. / Karzai, A.W. / Raumann, B.E. / Sauer, R.T. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: DNA Recognition by Beta-Sheets in the Arc Repressor-Operator Crystal Structure 著者: Raumann, B.E. / Rould, M.A. / Pabo, C.O. / Sauer, R.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bdv.cif.gz | 69.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bdv.ent.gz | 53.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bdv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bdv_validation.pdf.gz | 397.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bdv_full_validation.pdf.gz | 404.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bdv_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bdv_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/1bdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/1bdv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6756.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6743.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 6190.229 Da / 分子数: 4 / Mutation: F10V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ) 属: P22-like viruses / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: RARC_BPP22, UniProt: P03050*PLUS #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 8691 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 62 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 62 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PAR 解像度: 2.8→20 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 10
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.252 / Rfactor Rfree: 0.297 / Rfactor Rwork: 0.252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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