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万見
- PDB-1bdv: ARC FV10 COCRYSTAL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bdv
タイトルARC FV10 COCRYSTAL
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*T)-3')
  • PROTEIN (ARC FV10 REPRESSOR)
キーワードGENE REGULATION/DNA / GENE-REGULATING PROTEIN / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Arc-like DNA binding domain / Arc-like DNA binding domain / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Transcriptional repressor arc / Transcriptional repressor arc
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Schildbach, J.F. / Karzai, A.W. / Raumann, B.E. / Sauer, R.T.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Origins of DNA-binding specificity: role of protein contacts with the DNA backbone.
著者: Schildbach, J.F. / Karzai, A.W. / Raumann, B.E. / Sauer, R.T.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: DNA Recognition by Beta-Sheets in the Arc Repressor-Operator Crystal Structure
著者: Raumann, B.E. / Rould, M.A. / Pabo, C.O. / Sauer, R.T.
履歴
登録1998年5月11日処理サイト: NDB
改定 1.01999年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conf / struct_conf_type
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*T)-3')
A: PROTEIN (ARC FV10 REPRESSOR)
B: PROTEIN (ARC FV10 REPRESSOR)
C: PROTEIN (ARC FV10 REPRESSOR)
D: PROTEIN (ARC FV10 REPRESSOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2616
ポリマ－38,2616
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.840, 56.310, 52.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.03, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.5118, 0.1127, -0.8517), (0.1307, -0.9696, -0.2068), (-0.8491, -0.2172, 0.4815)63.4547, -8.0355, 35.2145
2given(0.5356, 0.0395, -0.8435), (0.0426, -0.9989, -0.0198), (-0.8434, -0.0253, -0.5367)58.0827, -4.3397, 105.3471
3given(0.0146, 0.1199, -0.9927), (0.1004, -0.9879, -0.1179), (-0.9948, -0.098, -0.0264)70.372, -5.9028, 71.2235

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*T)-3')


分子量: 6756.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*T)-3')


分子量: 6743.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
PROTEIN (ARC FV10 REPRESSOR)


分子量: 6190.229 Da / 分子数: 4 / Mutation: F10V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ)
属: P22-like viruses / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: RARC_BPP22, UniProt: P03050*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2GLYCEROLグリセリン11
3CACODYLATEカコジル酸11
4MGCL211
5COBALTHEXAMMINE11
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
255 %satammonium phosphate1reservoir
31
41
51

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 8691 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 62
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PAR

1par


解像度: 2.8→20 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 -10 %RANDOM
Rwork0.2435 ---
obs0.2435 8691 97.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1522 896 0 34 2452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.373
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4423 -10 %
Rwork0.4519 747 -
obs--97.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.252 / Rfactor Rfree: 0.297 / Rfactor Rwork: 0.252
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.573
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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