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- PDB-1bd2: COMPLEX BETWEEN HUMAN T-CELL RECEPTOR B7, VIRAL PEPTIDE (TAX) AND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bd2
タイトルCOMPLEX BETWEEN HUMAN T-CELL RECEPTOR B7, VIRAL PEPTIDE (TAX) AND MHC CLASS I MOLECULE HLA-A 0201
要素
  • (T CELL RECEPTOR ...) x 2
  • BETA-2 MICROGLOBULIN
  • HLA-A 0201
  • TAX PEPTIDE
キーワードCOMPLEX (MHC/VIRAL PEPTIDE/RECEPTOR) / COMPLEX (MHC-VIRAL PEPTIDE-RECEPTOR) / COMPLEX (MHC-VIRAL PEPTIDE-RECEPTOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC protein binding / symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation ...MHC protein binding / symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / CD8 receptor binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / regulation of mRNA stability / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / SH3 domain binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / antibacterial humoral response / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / cellular response to lipopolysaccharide / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / host cell cytoplasm / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
HTLV Tax / HTLV Tax / : / : / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...HTLV Tax / HTLV Tax / : / : / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / T cell receptor beta variable 6-5 / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / T cell receptor alpha variable 29/delta variable 5 / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Protein Tax-1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ding, Y.-H. / Smith, K.J. / Garboczi, D.N. / Utz, U. / Biddison, W.E. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: Immunity / 年: 1998
タイトル: Two human T cell receptors bind in a similar diagonal mode to the HLA-A2/Tax peptide complex using different TCR amino acids.
著者: Ding, Y.H. / Smith, K.J. / Garboczi, D.N. / Utz, U. / Biddison, W.E. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structure of the Complex between Human T-Cell Receptor, Viral Peptide and Hla-A2
著者: Garboczi, D.N. / Ghosh, P. / Utz, U. / Fan, Q.R. / Biddison, W.E. / Wiley, D.C.
履歴
登録1998年5月12日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42013年3月13日Group: Other
改定 1.52016年5月25日Group: Structure summary
改定 1.62023年8月2日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA-A 0201
B: BETA-2 MICROGLOBULIN
C: TAX PEPTIDE
D: T CELL RECEPTOR ALPHA
E: T CELL RECEPTOR BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8605
ポリマ－94,8605
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10000 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area36170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.800, 73.300, 217.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA-A 0201 / HLA A2 HEAVY CHAIN


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS ALPHA 1, ALPHA 2, ALPHA 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 遺伝子: HLA-A 0201 / 器官: PLASMA / プラスミド: PHN1
細胞内の位置 (発現宿主): REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 遺伝子: V BETA 12.3 J BETA 2.7 (BV13S1) / 器官: PLASMA / プラスミド: PLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
細胞内の位置 (発現宿主): REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P61769

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T CELL RECEPTOR ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 T CELL RECEPTOR ALPHA


分子量: 22730.295 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS V AND C, RESIDUES 1 - 210 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: T-LYMPHOCYTE / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 遺伝子: V ALPHA 17.2, J ALPHA 54 (ADV21S1A1N2) / 器官: PLASMA / プラスミド: PLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
細胞内の位置 (発現宿主): REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: GenBank: 338766, UniProt: P04437*PLUS
#5: タンパク質 T CELL RECEPTOR BETA


分子量: 27326.229 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS V AND C, RESIDUES 1 - 247 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: T-LYMPHOCYTE / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 遺伝子: V BETA 12.3, J BETA 2.7 (BV13S1) / 器官: PLASMA / プラスミド: PLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
細胞内の位置 (発現宿主): REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: GenBank: 3002925, UniProt: A0A0K0K1A5*PLUS

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 40分子 C

#3: タンパク質・ペプチド TAX PEPTIDE


分子量: 1070.280 Da / 分子数: 1
断片: RESIDUES 11 - 19 FROM TAX PROTEIN OF HUMAN T LYMPHOTROPIC VIRUS TYPE 1
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
属: Deltaretrovirus / 生物種: Primate T-lymphotropic virus 1 / 参照: UniProt: P14079*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 7.1
詳細: 12% PEG8000, 20MM MOPS, 100MM MAGNESIUM ACETATE,PH7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1997年2月5日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 33899 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 59.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.22 / % possible all: 85.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 145021
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1HHI AND 1AO7

1hhi

1ao7


解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 1.0E-5 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 1637 5.2 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 31731 90.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6339 0 0 39 6378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.63
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.42
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.421
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.252
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.24
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.922
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.334
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 168 4.6 %
Rwork0.38 3450 -
obs--84.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.427
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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