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- PDB-1bcr: COMPLEX OF THE WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE, CPDW-II, WITH THE M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bcr
タイトルCOMPLEX OF THE WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE, CPDW-II, WITH THE MICROBIAL PEPTIDE ALDEHYDE INHIBITOR, ANTIPAIN, AND ARGININE AT ROOM TEMPERATURE
要素
  • (SERINE CARBOXYPEPTIDASE ...) x 2
  • ANTIPAIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / MICROBIAL PEPTIDE ALDEHYDE INHIBITOR / SERINE PROTEASE-INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase D / serine-type carboxypeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11320 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #940 / Serine carboxypeptidase, serine active site / Serine carboxypeptidases, serine active site. / Peptidase S10, serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site / Serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular ...Rossmann fold - #11320 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #940 / Serine carboxypeptidase, serine active site / Serine carboxypeptidases, serine active site. / Peptidase S10, serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site / Serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antipain / ARGININE / Serine carboxypeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
Actinobacteria (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bullock, T.L. / Remington, S.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Peptide aldehyde complexes with wheat serine carboxypeptidase II: implications for the catalytic mechanism and substrate specificity.
著者: Bullock, T.L. / Breddam, K. / Remington, S.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Structure of the Complex of L-Benzylsuccinate with Wheat Serine Carboxypeptidase at 2.0 Angstrom Resolution
著者: Bullock, T.L. / Branchaud, B. / Remington, S.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Refined Atomic Model of Wheat Serine Carboxypeptidase II at 2.2 Angstrom Resolution
著者: Liao, D.I. / Breddam, K. / Sweet, R.M. / Bullock, T. / Remington, S.J.
履歴
登録1995年11月3日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年9月5日Group: Derived calculations
改定 1.52012年12月12日Group: Other
改定 1.62013年6月5日Group: Atomic model
改定 2.02019年5月15日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: database_PDB_caveat / entity_poly ...database_PDB_caveat / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.details / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 4.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE CARBOXYPEPTIDASE II
B: SERINE CARBOXYPEPTIDASE II
C: ANTIPAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1757
ポリマ－47,7833
非ポリマー1,3914
水3,459192
1
A: SERINE CARBOXYPEPTIDASE II
B: SERINE CARBOXYPEPTIDASE II
C: ANTIPAIN
ヘテロ分子

A: SERINE CARBOXYPEPTIDASE II
B: SERINE CARBOXYPEPTIDASE II
C: ANTIPAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,34914
ポリマ－95,5666
非ポリマー2,7838
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)98.400, 98.400, 209.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 43 / 2: CIS PROLINE - PRO A 54 / 3: CIS PROLINE - PRO A 96

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要素

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SERINE CARBOXYPEPTIDASE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SERINE CARBOXYPEPTIDASE II


分子量: 29180.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 組織: WHEAT GERM / 参照: UniProt: P08819, carboxypeptidase D
#2: タンパク質 SERINE CARBOXYPEPTIDASE II


分子量: 17995.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 組織: WHEAT GERM / 参照: UniProt: P08819, carboxypeptidase D

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド ANTIPAIN


タイプ: Oligopeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 607.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Actinobacteria (バクテリア) / 参照: Antipain

-
糖 , 3種, 3分子

#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-6-deoxy-Altp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-ManpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 193分子

#7: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.82 %
結晶化
*PLUS
pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mM1dropNaCl
20.2 %(w/v)PEG40001drop
350 mMsodium acetate1drop
41.25 Msodium chloride1reservoir
550 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 2.23 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 29444 / % possible obs: 86 % / Num. measured all: 65638 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 71 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
R-AXISデータ収集
TNT精密化
R-AXISデータ削減
精密化解像度: 2.5→21 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.162 29444
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3205 0 92 192 3489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.53
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.019
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.020.019

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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