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- PDB-1bci: C2 DOMAIN OF CYTOSOLIC PHOSPHOLIPASE A2, NMR, MINIMIZED AVERAGE S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bci
タイトルC2 DOMAIN OF CYTOSOLIC PHOSPHOLIPASE A2, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素CYTOSOLIC PHOSPHOLIPASE A2
キーワードHYDROLASE / LIPID DEGRADATION / CYTOSOLIC PHOSPHOLIPASE A2 / CALCIUM-DEPENDENT LIPID BINDING / C2 DOMAIN / PHOSPHOCHOLINE
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet activating factor biosynthetic process / phosphatidylglycerol catabolic process / Arachidonic acid metabolism / icosanoid metabolic process / Acyl chain remodeling of CL / monoacylglycerol biosynthetic process / glycerophospholipid catabolic process / Hydrolysis of LPC / phosphatidyl phospholipase B activity / lysophospholipase ...platelet activating factor biosynthetic process / phosphatidylglycerol catabolic process / Arachidonic acid metabolism / icosanoid metabolic process / Acyl chain remodeling of CL / monoacylglycerol biosynthetic process / glycerophospholipid catabolic process / Hydrolysis of LPC / phosphatidyl phospholipase B activity / lysophospholipase / O-acyltransferase activity / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / Acyl chain remodelling of PG / calcium-independent phospholipase A2 activity / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / ceramide 1-phosphate binding / glycerol metabolic process / arachidonic acid metabolic process / positive regulation of T-helper 1 type immune response / phosphatidylcholine catabolic process / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / positive regulation of prostaglandin secretion / lysophospholipase activity / phospholipase A2 activity / phospho-PLA2 pathway / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / leukotriene biosynthetic process / positive regulation of platelet activation / positive regulation of macrophage activation / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phospholipase A2 / prostaglandin biosynthetic process / cellular response to antibiotic / arachidonic acid secretion / Platelet sensitization by LDL / establishment of localization in cell / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / nuclear envelope / regulation of cell population proliferation / mitochondrial inner membrane / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lysophospholipase, catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2, C2 domain / Lysophospholipase catalytic domain / PLA2c domain profile. / Cytoplasmic phospholipase A2, catalytic subunit / C2 domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain ...Lysophospholipase, catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2, C2 domain / Lysophospholipase catalytic domain / PLA2c domain profile. / Cytoplasmic phospholipase A2, catalytic subunit / C2 domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytosolic phospholipase A2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, ETC.
データ登録者Xu, G.Y. / Mcdonagh, T. / Yu, H.A. / Nalefski, E.A. / Clark, J.D. / Cumming, D.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Solution structure and membrane interactions of the C2 domain of cytosolic phospholipase A2.
著者: Xu, G.Y. / McDonagh, T. / Yu, H.A. / Nalefski, E.A. / Clark, J.D. / Cumming, D.A.
履歴
登録1998年4月30日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOSOLIC PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0513
ポリマ－15,9711
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 75VIOLATION: NOES<0.3 A, DIHEDRAL ANGLES<3 DEGREES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CYTOSOLIC PHOSPHOLIPASE A2 / CALB DOMAIN


分子量: 15971.113 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: PROPRIETARY STRAIN/GI400
Plasmid details: A CDNA FRAGMENT ENCODING AMINO ACIDS 1-138 OF HUMAN CYTOSOLIC PHOSPHOLIPASE A2 WAS SUBCLONED INTO THE NCOI/ECORI SITES OF THE VECTOR SUCH THAT THE 5' CODONS ENCODING THE N-TERMINAL ...Plasmid details: A CDNA FRAGMENT ENCODING AMINO ACIDS 1-138 OF HUMAN CYTOSOLIC PHOSPHOLIPASE A2 WAS SUBCLONED INTO THE NCOI/ECORI SITES OF THE VECTOR SUCH THAT THE 5' CODONS ENCODING THE N-TERMINAL POLYHIS-TAG WERE REMOVED.
プラスミド: PTRCHISB(INVITROGEN) / 細胞株 (発現宿主): PROPRIETARY STRAIN/GI400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47712, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
NMR実験の詳細Text: N15-NOESY, HNHA-J, HNHB, CBCACONNH, HNCACB, HBHACONNH, HNHAHB, HCCH-TOCSY, LONG-RANGE-CCJ, CN-NOESY, ETC.

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試料調製

詳細内容: 20 MM TRIS, 0.5MM CACL2
試料状態イオン強度: 0.0 / pH: 7.1 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNIT+ / 製造業者: Varian / モデル: UNIT+ / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, ETC.
ソフトェア番号: 1
詳細: THIS AVERAGE-MINIMIZED STRUCTURE IS FROM 34 ENSEMBLE STRUCTURES, WHICH ARE BASED ON 2215 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM NMR MEASUREMENTS INCLUDING 106 HYDROGEN BOND RESTRAINTS ...詳細: THIS AVERAGE-MINIMIZED STRUCTURE IS FROM 34 ENSEMBLE STRUCTURES, WHICH ARE BASED ON 2215 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM NMR MEASUREMENTS INCLUDING 106 HYDROGEN BOND RESTRAINTS AND 155 TORSION ANGLE RESTRAINTS. THE DETAILED ENERGETIC STATISTICS AND ATOMIC RMSD'S CAN BE FOUND IN THE J.MOL.BIOL CITATION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: VIOLATION: NOES<0.3 A, DIHEDRAL ANGLES<3 DEGREES / 計算したコンフォーマーの数: 75 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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