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万見
- PDB-1bbx: NON-SPECIFIC PROTEIN-DNA INTERACTIONS IN THE SSO7D-DNA COMPLEX, N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bbx
タイトルNON-SPECIFIC PROTEIN-DNA INTERACTIONS IN THE SSO7D-DNA COMPLEX, NMR, 1 STRUCTURE
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*G)-3')
  • DNA-BINDING PROTEIN 7D
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA INTERACTION / NONSPECIFIC PROTEIN-DNA INTERACTION / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding protein 7d
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Agback, P. / Baumann, H. / Knapp, S. / Ladenstein, R. / Hard, T.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Architecture of Nonspecific Protein-DNA Interactions in the Sso7D-DNA Complex
著者: Agback, P. / Baumann, H. / Knapp, S. / Ladenstein, R. / Hard, T.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: DNA-Binding Surface of the Sso7D Protein from Sulfolobus Solfataricus
著者: Baumann, H. / Knapp, S. / Karshikoff, A. / Ladenstein, R. / Hard, T.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Solution Structure and DNA-Binding Properties of a Thermostable Protein from the Archaeon Sulfolobus Solfataricus
著者: Baumann, H. / Knapp, S. / Lundback, T. / Ladenstein, R. / Hard, T.
履歴
登録1998年4月24日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*G)-3')
C: DNA-BINDING PROTEIN 7D
D: DNA-BINDING PROTEIN 7D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6544
ポリマ－21,6544
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50LOWEST RESTRAINT ENERGY
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*G)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 DNA-BINDING PROTEIN 7D / SSO7D


分子量: 7163.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P39476

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCO
121CBCA(CO)NNH
131HN(CA)CB
141(H)CCH-TOCSY
151HCC-TOCSY
16113C
17115N DOUBLE HALF-FILTERED 2D NOESY
1812D NOESY
19115N-EDITED 3D NOE-HSQC
110113C-EDITED 3D NOE-HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELLED SSO7D AND NON-LABELLED DNA

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試料調製

詳細内容: H2O:D2O 9:1
試料状態イオン強度: 60 mM / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 323 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
VNMR構造決定
ANSIG構造決定
XPLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST RESTRAINT ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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